《中國醫(yī)學(xué)通史簡編》經(jīng)過醫(yī)史學(xué)家們長期的學(xué)術(shù)醞釀、研討，籌劃，最終在衛(wèi)生部和老一輩醫(yī)藥衛(wèi)生工作者的關(guān)懷下，動員組織了全國醫(yī)史界（包括臺灣和香港在內(nèi)）的專家學(xué)者，于1987年正式開始編寫工作，《中國醫(yī)學(xué)通史簡編》各分卷歷時八個春秋，經(jīng)多次審閱、修改而初具規(guī)模，下面謹(jǐn)就有關(guān)編寫與研究中的一些學(xué)術(shù)和技術(shù)問題，作以下必要的說明。
　　（一）體例與分期問題：在編撰《中國醫(yī)學(xué)通史簡編》這部巨大著作的醞釀過程中，考慮討論了該書的分期問題，最后確定為四巨冊，即古代醫(yī)學(xué)分卷（遠(yuǎn)古～1840）、近代醫(yī)學(xué)分卷（1840～1949）、現(xiàn)代醫(yī)學(xué)分卷（1949～1995）與醫(yī)史文物圖譜卷。為首先給人以清晰的時間概念，并能體現(xiàn)醫(yī)學(xué)發(fā)展的規(guī)律，古代卷分中國原始人類的醫(yī)藥衛(wèi)生活動等10章，在編述上以時系事，聯(lián)系醫(yī)家、醫(yī)著、學(xué)術(shù)、體現(xiàn)了中國醫(yī)學(xué)通史縱不斷線，從古通今的連貫性特點(diǎn)。在每章中，又吸取了志書體例，先概述、醫(yī)事制度、律令、醫(yī)學(xué)教育；次醫(yī)，藥衛(wèi)生保健等學(xué)術(shù)；再醫(yī)藥文化交流，醫(yī)家傳記、醫(yī)籍評介；其它較獨(dú)特的專節(jié)一般放在最后。
　　醫(yī)學(xué)史分期，是否切合歷史實(shí)際，是測量一部醫(yī)學(xué)史學(xué)術(shù)水平的重要依據(jù)之一。因?yàn)椋泻现袊t(yī)學(xué)發(fā)展歷史實(shí)際的分期法，不但在宏觀上給人一目了然、綱舉目張的效果，而且透過分期的微觀上還能得出醫(yī)學(xué)發(fā)展在各個時期的實(shí)質(zhì)內(nèi)函，《中國醫(yī)學(xué)通史簡編》總結(jié)多年的理論研究和多部專著分期的實(shí)踐，使我們認(rèn)識到在科學(xué)的分期上應(yīng)注意以下三個不同層次的要求，這就是首先必須充分反映出醫(yī)學(xué)在各個不同時期的不同實(shí)質(zhì)和特點(diǎn)；其次，要考慮到中國科學(xué)技術(shù)史和文化史特點(diǎn)的相對一致性；再次，是在前二者的基礎(chǔ)上，注意社會政治、經(jīng)濟(jì)發(fā)展的相關(guān)性等。這個層次是不能倒置的。由于中國醫(yī)學(xué)史是一個網(wǎng)絡(luò)狀的結(jié)構(gòu)，這種縱橫交織、綱舉目張的史書體例，能比較全面系統(tǒng)地容納中國醫(yī)學(xué)史的基本內(nèi)容，雖在形式上比較固定少有變動，但每章節(jié)的內(nèi)容則各不相同，然而卻能從中看出上下的銜接與發(fā)展變化。
　　（二）關(guān)于醫(yī)學(xué)起源問題。中外醫(yī)史界、科技史界歷來對此意見分歧、見仁見智，往往使人莫衷一是，無論是巫源說、動物本能說、圣賢創(chuàng)醫(yī)說等等。均不無道理，但又各有偏頗，通過綜合分析，本書在編寫中主張以實(shí)踐為主體的多源綜合說，其間有一個內(nèi)在的邏輯發(fā)展過程，人類醫(yī)療活動的歷史比巫出現(xiàn)要早，所以單純強(qiáng)調(diào)醫(yī)源于巫的觀點(diǎn)是站不住腳的。動物越高級，其本能越減退，所以以動物本能為醫(yī)的唯一源泉是難以成立的。圣賢創(chuàng)醫(yī)說則是復(fù)古思潮的產(chǎn)物。所以說醫(yī)學(xué)起源問題絕非某一單純觀點(diǎn)所能圓滿解釋清楚的。
　　（三）中國古代醫(yī)藥學(xué)的形態(tài)結(jié)構(gòu)。中國古代醫(yī)學(xué)是傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)的發(fā)展范式，是把人放在天地與社會心理中去考察，具有宏觀整體性，是個多源一體化的結(jié)構(gòu)。在中華民族醫(yī)藥文化形成的過程中，集中了各民族各地區(qū)的醫(yī)療學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)在內(nèi)。
　　而居住在中原一帶的醫(yī)家在總結(jié)各地各族醫(yī)藥經(jīng)驗(yàn)時“雜合以治，各得其所宜，故治所以異而皆愈者，得病之情，知病之大體也。”因而，當(dāng)中國古代醫(yī)學(xué)體系形成和發(fā)展過程中，包括民族醫(yī)藥在內(nèi)，在以后的歷程中，以漢醫(yī)為主體的傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)不斷地吸收各少數(shù)民族醫(yī)藥的新鮮經(jīng)驗(yàn)，另一方面各少數(shù)民族又逐漸結(jié)合本地區(qū)本民族的醫(yī)藥經(jīng)驗(yàn)，形成了各具特色的民族醫(yī)學(xué)，這是中國古代醫(yī)史上漢醫(yī)與少數(shù)民族醫(yī)，其共性與個性、整體和部分辨證的統(tǒng)一。
　　（四）中國古代醫(yī)藥與人文地理和文化傳統(tǒng)。環(huán)境是對中心而言，背景是對主題而言， 近幾十年來，醫(yī)史教研工作者在此方面進(jìn)行了廣泛深入而有成效地探索。中國傳統(tǒng)醫(yī)藥學(xué)產(chǎn)生于中國，是中華民族長期以來與疾病作斗爭、診療保健的經(jīng)驗(yàn)總結(jié)和理論概括。一方面，從遠(yuǎn)古以來中華民族祖祖輩輩就在自己的國土上生活、生產(chǎn)，進(jìn)行各種社會文化活動與創(chuàng)造發(fā)明，本民族的文明一直未曾中斷。另一方面，又是處在一相對封閉的自然地理環(huán)境中，在整個古代，受外來文化的沖擊較少，而有兼收并蓄外域文化的博大氣勢，往往為我所用。中國醫(yī)學(xué)之外傳，影響著朝、日、越等國的醫(yī)學(xué)發(fā)展，成為這些國家傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)的主要組成部分。鳥瞰中國的地理環(huán)境，背依歐亞大陸，西北方橫亙著戈壁大漠，西南方聳立著青藏高原天然屏障，東面是浩淼的大海，直到十九世紀(jì)中葉以前，中國人還把自己的國度當(dāng)作天下的中心，自視為“天朝上國”。以農(nóng)業(yè)為主的物質(zhì)生存方式，還有采集、捕魚，狩獵，畜牧和手工業(yè)等，醫(yī)藥文化莫不受這種客觀存在的影響。民族心理的務(wù)實(shí)精神，是中國農(nóng)業(yè)社會導(dǎo)致的一種心理趨向，鑄造了中國人“重實(shí)際而黜玄想”的民族性格。世俗的、入世的思想一直壓倒出世的、超世的宗教神學(xué)思想。當(dāng)西方在漫漫的中世紀(jì)黑暗時代——只有神學(xué)而無科學(xué)的地位，科學(xué)只是神學(xué)婢女的歲月，中國的醫(yī)藥文化一直以其科學(xué)與文明的風(fēng)姿在世界醫(yī)林中占居領(lǐng)先的地位。中國傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)并不僅僅是歷史上的醫(yī)學(xué)，它有著更光明遠(yuǎn)大的前景，它是中華民族創(chuàng)造發(fā)明的，它又是屬于全人類的，是中華民族對人類醫(yī)療保健事業(yè)的一大貢獻(xiàn)。從中國人文地理看，中國傳統(tǒng)醫(yī)藥學(xué)文化中心，開始在黃河中下游一帶經(jīng)濟(jì)發(fā)達(dá)的平原地區(qū)，從秦漢到隋唐仍在陜西、河南、山東及長江以北地區(qū)，北宋到南宋金元，中國醫(yī)藥文化中心呈東遷南遷之勢，明清之際，中國醫(yī)藥文化的中心轉(zhuǎn)移到江浙一帶。如果說中國古代醫(yī)學(xué)最早的起根發(fā)苗和發(fā)展在黃河中下游流域，那么它的相對成熟和開花結(jié)果則在江南人文薈萃的地方。
　　（五）對醫(yī)藥學(xué)家評價。醫(yī)史是醫(yī)藥學(xué)家活動的舞臺，醫(yī)家的傳記、著述、學(xué)術(shù)思想、醫(yī)事活動等，牽扯到醫(yī)史的每個綱目與網(wǎng)絡(luò)。本編對醫(yī)史人物的評價，著重強(qiáng)調(diào)：
　　①研究醫(yī)學(xué)家的學(xué)說和學(xué)術(shù)思想，要求研究者所作的結(jié)論必須確切，必須符合實(shí)際，能反映其特點(diǎn)。
　　②研究醫(yī)學(xué)家學(xué)說和學(xué)術(shù)思想，必須嚴(yán)肅認(rèn)真，要從全面系統(tǒng)的調(diào)查研究入手，作深入細(xì)致的分析，千萬不要單憑序跋、小傳或二三手資料作結(jié)論；
　　③醫(yī)學(xué)家學(xué)說和學(xué)術(shù)思想的研究，不要回避矛盾。在研究過程中，只要結(jié)論符合實(shí)際，能代表其學(xué)術(shù)思想核心，雖然它不符合潮流，或與多數(shù)學(xué)者的觀點(diǎn)相反，也要敢于提出自己可供借鑒的意見或結(jié)論；
　　④研究醫(yī)家學(xué)說和學(xué)術(shù)思想，要不為前人的結(jié)論所惑，避免人云亦云；
　　⑤研究歷代醫(yī)學(xué)家要予以歷史評價，有褒有貶，一分為二，防止絕對肯定或全盤否定的結(jié)論，對醫(yī)學(xué)發(fā)展有促進(jìn)作用的就褒，有阻礙作用的就貶。只有做到這一點(diǎn)，既知其進(jìn)步性之所在，又注意到消極性之可能危害，才會對現(xiàn)代有更多借鑒；
　　⑥研究醫(yī)學(xué)家學(xué)說和學(xué)術(shù)思想要抓注主流。醫(yī)學(xué)家的學(xué)術(shù)見解、經(jīng)驗(yàn)和論述，多是各式各樣的，兼雜并列的，由于歷史條件的局限，少有本人對自己的學(xué)說予以明確的、系統(tǒng)的論述，這就要求我們通過深入鉆研，分析綜合，從錯綜復(fù)雜的大量資料中，理出一個切合實(shí)際的頭緒；
　　⑦研究醫(yī)學(xué)家學(xué)說和學(xué)術(shù)思想，要探討醫(yī)學(xué)發(fā)展的歷史經(jīng)驗(yàn)和規(guī)律性問題。
　　（六）醫(yī)藥學(xué)史料問題。研究醫(yī)藥衛(wèi)生發(fā)展，史料是基礎(chǔ)，大量掌握和研究、鑒別史料是醫(yī)史研究的基本功。沒有史料尤如無米之炊。由于醫(yī)學(xué)發(fā)展與社會的政治、經(jīng)濟(jì)、哲學(xué)、歷史、文化、軍事、體育、交通、宗教等等人文現(xiàn)象和天地間各種自然環(huán)境有著直接和間接的多種聯(lián)系，所以醫(yī)史研究中不僅僅局限于醫(yī)、藥、衛(wèi)生，保健學(xué)術(shù)本身，還廣泛深入地涉及到醫(yī)藥文化的各個方位與層面，醫(yī)史史料的來源是多途徑的。古代醫(yī)學(xué)史料以文獻(xiàn)和文物史料為主，同時還包括一些醫(yī)藥衛(wèi)生民俗史料。
　　文獻(xiàn)史料除歷代醫(yī)籍和醫(yī)史專著外，廣泛地涉及到正史、野史、筆記、地方志、少數(shù)民族有關(guān)的醫(yī)藥文獻(xiàn)。這是本書史料的主要來源，其間有大量、細(xì)致的文獻(xiàn)學(xué)研究，鑒別真?zhèn)巍⒖甲C史源等工作。
　　文物史料多借助已往的金石、甲骨、簡帛，以及現(xiàn)代的考古發(fā)掘資料，實(shí)際上一些文物史料已經(jīng)變成文獻(xiàn)資料。我們將比較全面系統(tǒng)征集歷代醫(yī)藥衛(wèi)生文物圖片，將收入醫(yī)史文物圖譜卷，作為比較直觀的素材，將對文獻(xiàn)發(fā)揮有說服力的科學(xué)的互證。
　　關(guān)于民俗，自古以來，民俗和醫(yī)藥衛(wèi)生就結(jié)下了不解之緣，逐漸地形成了豐富多姿的醫(yī)藥衛(wèi)生民俗，發(fā)揮過或正在發(fā)揮其應(yīng)有的作用，作為醫(yī)史的一個載體，民俗史料不可忽視，往往可補(bǔ)充文獻(xiàn)史料和實(shí)物史料不足而造成的醫(yī)論蒼白和史實(shí)的匱乏，特別是原始社會醫(yī)史，秦漢以至先秦醫(yī)史，少數(shù)民族醫(yī)史，沒有自己民族文字、文獻(xiàn)的民族醫(yī)史，以及社會醫(yī)學(xué)和醫(yī)學(xué)社會學(xué)等領(lǐng)域的許多學(xué)術(shù)問題，醫(yī)藥衛(wèi)生民俗史料的價值顯得尤為珍貴。