戰(zhàn)國(guó)末期，秦國(guó)逐漸強(qiáng)盛，至公元前221年，相繼翦滅六國(guó)，建立了中國(guó)歷史上第一個(gè)封建專(zhuān)制主義中央集權(quán)的國(guó)家秦朝，進(jìn)一步統(tǒng)一文字、貨幣、車(chē)軌、度量衡。但因其橫征暴斂，焚書(shū)坑儒，對(duì)人民實(shí)行殘酷的勞役，很快在農(nóng)民起義沖擊下土崩瓦解了。西漢王朝（公元前206～公元8年），沿襲秦制，但崇尚黃老之學(xué)，實(shí)行所謂“無(wú)為之治”，使人民“休養(yǎng)生息”，出現(xiàn)了吏安其官，民樂(lè)其業(yè)，財(cái)富積累，人口大增的局面。自從西漢·董仲舒提出“罷黜百家，獨(dú)尊儒術(shù)”之后，儒家思想占據(jù)了統(tǒng)治地位，影響到東漢乃至整個(gè)封建社會(huì)。其后，新莽王朝（公元8～25年）以“復(fù)古”為名挽救統(tǒng)治階級(jí)的危機(jī)，結(jié)果招致改制失敗，農(nóng)民起義遍及全國(guó)。公元25年，劉秀稱(chēng)帝，定都洛陽(yáng)，史稱(chēng)東漢（公元25～220年）。
　　秦漢時(shí)期的經(jīng)濟(jì)，北方發(fā)展比較快。齊水渭水間的黃河流域，是當(dāng)時(shí)全國(guó)經(jīng)濟(jì)的中心。由于農(nóng)業(yè)、手工業(yè)的發(fā)展，商業(yè)貿(mào)易的發(fā)展，西漢長(zhǎng)安和東漢洛陽(yáng)，先后成為當(dāng)時(shí)經(jīng)濟(jì)文化交流和政治中心。國(guó)內(nèi)交通的進(jìn)一步開(kāi)鑿，絲綢之路與東南海運(yùn)的發(fā)展有力地促進(jìn)了經(jīng)濟(jì)、文化的繁榮與內(nèi)外交流。全國(guó)人口從秦代兩千萬(wàn)到兩漢達(dá)到五千多萬(wàn)。
　　漢代官方重視典籍的整理、注釋?zhuān)纬伞敖?jīng)學(xué)”。在經(jīng)學(xué)內(nèi)部今文經(jīng)與古文經(jīng)兩派之間的斗爭(zhēng)激烈。經(jīng)學(xué)的治學(xué)方法及思想觀點(diǎn)對(duì)醫(yī)藥學(xué)的發(fā)展，產(chǎn)生了深刻影響。
　　秦漢之際，神仙方士得到帝王的青睞。從戰(zhàn)國(guó)至秦漢，齊燕一帶方士很多。秦始皇、漢武帝、都迷信神仙。秦始皇派韓終去尋求不死之藥，派徐市入東海求神仙，派侯生和盧生訪求仙藥。漢武帝求仙50多年，重用李少君等方士，甚至把自己的女兒嫁給方士，但長(zhǎng)生仙藥終未得到。這些失敗并未導(dǎo)致神仙思想幽靈的消滅，而是以變態(tài)形式逐漸演化，方士的活動(dòng)與醫(yī)藥和保健有著密切的關(guān)系。
　　約在西漢時(shí)，佛教已流行于西部各地，隨著西部與中原地區(qū)的經(jīng)濟(jì)文化交流，佛教遂傳入內(nèi)地。另一方面，東漢時(shí)期在中國(guó)產(chǎn)生的道教，沿襲了方仙道、黃老道和一些修行的方法，奉黃帝和老子為教主。尊《道德經(jīng)》為經(jīng)典。道教的修練方術(shù)有守一、行氣、服食、房中等，與醫(yī)藥發(fā)展有著密切聯(lián)系。
　　秦漢時(shí)期的科學(xué)技術(shù)有很大發(fā)展。《史記·天官書(shū)》詳細(xì)記錄了周天的星座，以及一些星體的運(yùn)行情況。《漢書(shū)·五行志》中記載了“日斑”（太陽(yáng)黑子）。漢武帝時(shí)，太史令司馬遷和天文學(xué)家洛下閎等人制作“太初歷”，代替了秦代沿用下來(lái)的顓頊歷。后來(lái)，劉歆作三統(tǒng)歷。東漢時(shí)天文學(xué)家已認(rèn)識(shí)到日蝕的原因，劉洪撰“乾象歷”編繪了一幅月亮運(yùn)行速度表。后世的歷法部是基于上述歷法而發(fā)展起來(lái)的。氣象知識(shí)的積累，有監(jiān)測(cè)儀器的研制使用，對(duì)自然現(xiàn)象的科學(xué)解釋?zhuān)瑢?duì)運(yùn)氣學(xué)說(shuō)、病因?qū)W說(shuō)的發(fā)展有一定的促進(jìn)作用。
　　農(nóng)學(xué)中反映的作物栽培、蠶桑，溫泉溫室的利用，對(duì)醫(yī)藥學(xué)的發(fā)展有著重要影響。數(shù)學(xué)、物理學(xué)、煉丹化學(xué)，也在不同程度上為醫(yī)藥學(xué)不斷提供理論知識(shí)和素材。
　　秦漢是中國(guó)醫(yī)學(xué)史上承前啟后、繼往開(kāi)來(lái)的發(fā)展時(shí)期。其表現(xiàn)有以下主要特點(diǎn)：
　　1、辯證論治思想的確立。辯證論治的思想出現(xiàn)于先秦。秦漢時(shí)期，經(jīng)過(guò)無(wú)數(shù)醫(yī)家的努力，特別是東漢張仲景《傷寒雜病論》中以六經(jīng)論傷寒、以臟腑辨雜病，形成了一套理法方藥相結(jié)合的體系，建立了辨證論治的基本規(guī)范。確立了四診、八綱、臟腑、經(jīng)絡(luò)、三因、八法等辨證論治的基本理論。
　　2、出現(xiàn)了醫(yī)案。西漢淳于意在繼承前入學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)的基礎(chǔ)上，記錄所診治病人必詳列姓名、身份、籍里、性別、病名、病因、脈證、診斷、治療（方藥、針灸、含漱藥、竄藥等），預(yù)防等，反映了早期醫(yī)案淳樸可鑒的學(xué)術(shù)風(fēng)格，為后世醫(yī)家書(shū)寫(xiě)醫(yī)案樹(shù)立了榜樣。
　　3、在臨床醫(yī)學(xué)進(jìn)展突出。華佗創(chuàng)用麻沸散施行外科手術(shù)，雖然其方藥、操作技術(shù)失傳，但它卻在學(xué)術(shù)思想上啟迪了外科醫(yī)家。張仲景的《傷寒雜病論》在外感熱病和內(nèi)科雜病等辨證論治方面的理論與實(shí)踐，被歷代醫(yī)家奉為圭臬。
　　4、初步奠定藥物方劑學(xué)體系。以《神農(nóng)本草經(jīng)》為代表，集東漢以前藥物學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)之大成，對(duì)歷代本草學(xué)和方劑學(xué)發(fā)展有著深遠(yuǎn)的影響。《傷寒雜病論》所載方劑及方劑學(xué)理論，被尊為眾方之祖。