二、《證治匯補》
　　《證治匯補》八卷，康熙二十六年(1687)刊，李用粹(字修之，號惺庵，十七世紀浙江鄞縣人)撰。
　　此書分為提綱、內因、外體、上竅、陶隔、腹脅、腰膝以及下竅八類，已與過去諸書不同，以內科雜病為主，論述復見集中。介紹八十余種較常見疾病病證，每癥列為一章，每章又分數節，先引《內經》，后選諸家并注明出于何書，分析原因、外候、辨證、脈象、治法、用藥、附證、方劑等，均為詳而不繁，備而不見。深為臨床醫家使用所稱便。

　　三、《本草備要》
　　《本草備要》，8卷，汪昂撰，康熙三十三年(1694年)刊，本書可視為臨床藥物手冊，亦為醫學門徑書。主要取材于《本草綱目》和《神農本草經疏》。卷首為藥性總義，統論藥物性味，歸經及炮制大要：卷一草部藥191種，卷二木部藥83種，卷三果部藥31種，卷四谷菜部藥40種，卷五金石水木部藥58種，卷六禽獸部藥25種，卷七鱗介魚蟲部藥41種，卷八人部藥9種，共計478種。每藥先辨其氣、味、形、色，次述所八經絡、功用、主治，并根據藥物所屬之“十劑”，分記于該藥之首。后世刊本又增附藥圖400余幅，更臻完善。此書刊本亦多，流傳甚廣。

　　四、《張氏醫通》
　　《張氏醫通》為綜合性醫書，十六卷，清·張璐撰于康熙三十四年(1695)，此書前十二卷論病，包括內、外、婦、兒及五官等科，分門分證，征引古代文獻及歷代醫家醫論，每病先列《內經》、《金匱要略》之論述，次引后世如孫思邈、李東垣、朱丹溪、趙獻可、薛己、張介賓、繆仲淳、喻嘉言等諸家之說，同時結合個人臨證經驗發表議論，但大抵不外折衷成綜合諸家觀點，無多創見。不過，整體醫學思想，比較與薛己、張介賓相近，并闡發“陽非有余，真陰不足”論甚力。自中風至嬰兒共分十六門，每門又分子目，體例實取法于王肯堂《證治準繩》，而選輯更為精審。后四卷論方，共分94門,祖方一卷，專論方祖源委，分析其配伍、功能與治療之證。另三卷為專方，以病證分門集方，并有方解。
　　此外，以《張氏醫通》命名而實為《張氏醫書七種》者，輯刊于1699年，包括《張氏醫通”、《本經逢原》、《診宗三味》、《傷寒緒論》、《傷寒纘論》、《傷寒舌鑒》、《傷寒兼證析義》，是刊叢書。

　　五、《古今圖書集成·醫部全錄》
　　《古今圖書集成》是中國最大的一部類書，康熙帝1683年完全統一中國以后，一面大興文字獄，厲行思想統治政策，一面又大開科舉之門，籠絡知識分子編書校書。于康熙中期，誠親王胤祉命進士陳夢雷編《古今圖書匯編》歷十余年而成，康熙帝命改名《古今圖書集成》，其部六千有余，其卷一萬，集經史諸子百家之大成，集經史諸子百家之大成。
　　《醫部全錄》原隸此書“博物匯編、藝術典”下之“醫部匯考”，共520卷，分類輯錄自《內經》至清初120余種醫學文獻，有古典醫籍的注釋，各種疾病的辨證論治，醫學藝術，記事及醫家傳略等，記述系統，分門別類明確，各科證治有論有方，引證材科均一一詳注出處，標明書目、篇目和作者，便于查對原書，是一部比較全面的醫學文獻參考書。
　　此書清末有影印本、鉛印本，1934年中華書局出版縮印本。1962年，人民衛生出版社將《醫部全錄》排印分成十二冊出版，訂為醫經注釋，脈診，外診法，臟腑身形，諸疾，外科，婦科，兒科，總論及列傳。藝文、紀事、雜論、外編等(共八個部分)，但將其中“太素脈訣”，“產圖”等予以刪去，對研究者為一缺憾。

　　六、《外科證治全生集》
　　《外科證治全生集》，又名《外科全生集》，1卷，刊于乾隆五年(1740)。五維德整理祖傳秘術及生平經驗而成《外科全生集》。此書后經清末馬培之重新分卷并作評注，以前集三卷、后集三卷流行。
　　王氏書先總述癰疽病因、證候、診法并列癥29種。按人體上、中、下三部分論外科病證治療，并兼以內、婦、兒各科病癥治療經驗，計外科效方75首，雜病驗方48首。另介紹200余種外科常用藥之性能及其他炮制，復附有作者治驗之案，甚便于臨床施用。

　　七、《目經大成》
　　《目經大成》為清代眼科名著之一，黃庭鏡(1704～?)著，于乾隆六年〔1741〕草成此書，此后四易其稿，但未付梓。弟子鄧學禮(贊夫)得悉此書后于嘉慶十年刊行，更名為《目科正宗》，刊行九年后被黃庭鏡之孫得見，遂以家藏舊本相校后刊印，悉還原貌。嘉慶二十三年(1818)問世，全書共23萬余字，居歷代眼科專著之魁。
　　書共三卷。卷一定論，卷二考癥，卷三類方。卷首之論20余篇，并設“立案式”，其論癥，按病因分凡12類，按病癥分為89癥。書末收載眼科方劑229首，闡明方義、細論化裁加減變化，更收外治方19首，俱實用尚有效者。

　　八、《醫宗金鑒》
　　《醫宗金鑒》九十卷，吳謙等撰于乾隆四年至七年(1739～1742)，為政府組織編修之大型醫學全書。此書編纂、選材甚精，用功甚勤，理法甚嚴，共計有十五種：《訂正仲景全書傷寒論注》、《訂正金匱要略注》、《刪補名醫方論》、《四診心法要訣》、《運氣要訣》、《傷寒心法要訣》、《雜病心法要訣》、《婦科心法要訣》、《幼科心法要訣》、《痘疹心法要訣》、《種痘心法要旨》、《外科心法要訣》、《眼科心法要訣》，《刺灸心法要訣》、《正骨心法要旨》。由于吳氏崇尚仲景學說，故傷寒、金匱內容所占比例頗大，并列于卷前。
　　此書所包括之分立各科，已略與今之分科相同，而并不收入祝由科之類，或亦著作者于巫術迷信有所抵拒，但如種痘心法，備加贊揚賞析，并詳作介紹。亦見接納先進醫術之例、正骨心法從《內經》理論而至具體摸按、端提、按摩、推拿手法，及人體骨骼解剖、竹簾夾板等器械圖解，一一詳明，有論有法，注重實際，收取各方經驗，確為歷代骨傷科專著中最好一種，其它各種多類此，各具特色。所以本書實為歷來醫學叢書、全書中最精當、完備、簡要而實用之一部。刊刻之后，受到廣大讀者歡迎，為中醫臨證重要讀物，并成為清代醫學標準教科書。

　　九、《醫學源流論》
　　《醫學源流論》二卷，徐大椿撰于乾隆二十二年(1757)。此書堪稱為“徐大椿醫學論文集”，共收其評論文章九十九篇。上卷為經絡臟腑、脈、病、方藥，下卷則治法、書論(并各科)、古今。縱橫捭闔，觸及之處，每有新見，發前人之未發，言常人所不敢言，尤針砭時弊甚多，論述道理深湛，中醫史上正缺如此大手筆之評論家也，大椿實古今第一人。
　　本書頗多先進之論，例如作“治人必考其驗否論”，指斥“今之醫者，事事反此，惟記方數首，擇時尚之藥數種，不論何病何癥，總以此塞責，他認為，“若醫者能以此法(效驗)自考，必成良醫；病家以此法考醫者，必不為庸醫之所誤。”是頗具‘實踐檢驗”為標準之義。種人痘法本非傳統，當時推行尚多阻力，徐氏卻具真知灼見，指出有“九善”(九大好處)，作不遺余力之提倡。

　　十、《本草綱目拾遺》
　　《本草綱目拾遺》十卷，趙學敏初撰于乾隆三十年(1765)，又續加補訂而畢于嘉慶八年(1803)，至趙學敏死后，于同治三年(1864)方得初刊。以后則有多次重刊。
　　本書專為收錄《本草綱目》一書所未載之藥物而作，故名“拾遺”，共載921種藥物(包括附品藥205種)。其中新增716種為《本草綱目》所未載、161種為對《本草綱目》已收藥物作補訂。書前“正誤”項下，另糾正《本草綱目》錯誤34條。當時傳入的西醫藥資料，亦間見納入，如日精油、金雞納、刀創水(碘酒)、鼻沖水(氨水)等。
　　書中附有大量醫方，多得自采訪所記用藥經驗，簡便有效，亦是趙學敏重視“串雅”走方郎中本色。
　　本書無疑是清代新內容最多的本草著作之一，是對《本草綱目》的重要補充和發展，也是本草學的又一次系統總結。

　　十一、《續名醫類案》
　　《續名醫類案》36卷(原60卷)，魏之琇，成書于乾隆三十五年(1770)，魏氏本身是位學驗俱富的臨床醫家。因鑒于明代《名醫類案》所選資料尚多缺漏,而明后新見醫案亦頗繁，乃“雜取近代醫書及史傳地志、文集說部之類，分門排纂。”全書分345門，內、外、婦、兒、五官等各科病癥兼備，分類條理清楚，選案廣泛，尤以急性傳染病治案所占篇幅甚大，其中痘癥(天花)即占兩卷之多，亦可見當時傳染之烈及編撰者用心。他個人治案大多述證明晰，辨證精審，論治熨貼，記錄詳盡；而于抄錄諸家案例，則加夾注和案后按語，著重于發明、辨析有關案例證治異同，議論較為平正可取。
　　此書現有《四庫全書》本及同治、光緒年間刻本多種，1957年人民衛生出版社曾據信述堂重刊本(1885)影印出版。

　　十二《雜病源流犀燭》
　　《雜病源流犀燭》30卷，刊于乾隆三十八年(1773年)。沈金鰲撰，為《沈氏尊生書》主要組成部分。該書七十二卷，另包括《脈象統類》、《諸脈主病詩》、《傷寒論綱目》、《婦科玉尺》、《幼科釋迷》、《要藥分劑》等。本書在闡釋雜病方面是為專著，按贓腑經絡、風寒署濕燥、內傷外感、面部身形各門統括諸種雜病，每門又分若干病證。述其原委，悉其形證，考其主治，因病用方，理法方藥比較契合。全書七種于1773～1774年合刻于無錫沈氏師儉堂，以后有多種合刻或單刻印本。

　　十三、《瘋門全書》
　　清·肖曉亭撰。為祖國醫學有關麻風病的三大專著之一。肖氏之書原為《癘病疾輯要》、《癘疾備要》各一卷，成書于嘉慶元年(1796)，貧而未梓，后經袁春臺等編校，命書名為《麻瘋全書》于道光十六年(1836)付印，此版本迄今未見。道光二十三年(1843)以后多次刊刻流行版本均名為《瘋門全書》。1936年裘吉生之《珍本醫書集成》第七冊將該書收入。1990年人民衛生出版社將該書重新點校出版。
　　該書對麻風病的傳染性傳播途徑及預防之法認識頗為正確，對癥狀體證之描述逼真而通俗，治療原則他強調：“總以涼血和血為主，驅風驅濕為佐，審元氣之虛實，按六經以分治，斯治療之要道”。他不同意本病必定復發或不能根除之說，認為其原因多因中斷治療或治療不徹底所致。肖氏對本病提出內治九法(統治、分治、緩治、峻治、補治、瀉治、兼治、類治、余治)；外治六法(針、灸、燒、熏洗、爛、敷)等，列有處方近170首，內容豐富，且善用大楓子肉。肖氏有經驗和學術觀點，使祖國醫學關于本病辨證論治的理論更為充實，其治療經驗解放后也曾為麻風防治工作者吸取。

　　十四、《溫病條辨》
　　本書為溫病學的重要代表著作之一，共六卷，系清·吳瑭撰，嘉慶三年(1798)完成，前后化了六年時間。刊行之后，為醫家所重，乃致翻刊重印達五十余次之多，并有王孟英、葉霖等諸家評注本，或編為歌訣之普及本。今之溫病學教材，取該書之說亦最多。
　　《溫病條辨》為吳瑭多年溫病學術研究和臨床總結的力作。全書以三焦辨證為主干，前后貫穿，釋解溫病全過程辨治，同時參以仲景六經辨證、劉河間溫熱病機、葉天士衛氣營血辨證及吳又可《溫疫論》等諸說，析理至微，病機甚明，而治之有方。例如書中歸納溫病清絡、清營、育陰等治法，實是葉天士散存于醫案中之清熱養陰諸法的總結提高。而分銀翹散作辛涼平劑、桑菊欽作辛涼輕劑、白虎湯為辛涼重劑，使氣分病變遣方用藥層次清晰、條理井然。葉天士之驗方，在吳瑭手中一經化裁，便成桑菊飲、清宮湯、連梅湯等諸名方。足知吳瑭此書，不是僅僅為纂集而撰，實是經心用意，為學術理論升華之作。

　　十五、《傷科補要》
　　《傷科補要》4卷，刊于嘉慶十三年(1808)，作者錢秀昌，以傷科聞名，并輯其精義，綜合平素治療經驗，撰成此書。卷一述人體要穴、正骨器械、骨度及脈訣；卷二述治傷三十六則，是治金瘡之理論及身體各部傷科疾病方法；卷三治傷湯頭歌括；卷四選錄各家傷科要方及急救良方。全書簡明實用，其中并載有楊木接骨法治愈骨折骨不連續之經驗，尤為難得。

　　十六、《傅青主女科》
　　《傅青主女科》又名《女科》，2卷，傅山撰，約成書于十七世紀，而至道光七年(1827)方有初刊本：后收入《傅青主男女科》中，合刊本多《傅氏女科全集》，后附《產后篇》2卷。故或又為《女科·產后編》、陸懋修《世補齋醫書》收入之校訂本、將女科析為8卷、八門。改稱《重訂傅徵君女科》、《產后編》改名《生化編》。今本《傅青主女科》(《女科》)上卷載帶下、血崩、鬼胎、調經、種子等五門，每門下又分若干病候，計38條、39癥、41方。下卷則包括妊娠、小產、難產、正產、產后諸癥，亦五門，共39條、41癥、42方。《產后編》上卷包括產后總論、產前產后方癥宜忌及產后諸癥治法三部，分列為17癥；下卷繼之而分列26癥，并附補篇一章。全書文字樸實，論述簡明扼要，理法方藥謹嚴而實用，重視肝、脾、腎三臟病機，善用氣血培補、脾胃調理之法，故頗受婦產醫家推崇。

　　十七、《醫林改錯》
　　《醫林改錯》二卷，王清任撰刊于道光十年(1830)，是他訪驗臟腑四十二年嘔心瀝血之作，也是我國中醫解剖學上具有重大革新意義的著作。
　　本書約有三分之一篇幅為解剖學內容，以其親眼所見，辨認胸腹內臟器官，與古代解剖作比較，畫出他自認為是正確的十三幅解剖圖以改錯。從一般的解剖形態結構及毗鄰關系的大體描述論，王清任所改是十分準確的。他發現了頸總動脈、主動脈、腹腔靜脈及全身血管之動靜脈區分；描述了大網膜、小網膜、胰腺、胰管、膽總管、肝管、會厭及肝、膽、胃、腸、腎、膀胱等的形態和毗鄰關系。這些是很有革新和進步意義的。但是，他對不少器官的命名和功能解釋從現代醫學觀點看是錯誤的。例如將主要的動脈稱為“氣總管”、“氣門”，并認為動脈內無血而有氣，將主要靜脈稱為“榮總管”，認為血液及營養等靠它供應全身等等。
　　正是生理功能與解剖的新解釋使王清任在活血化瘀理論及臨床方面作出新的貢獻。本書約有一半以上內容即為此而作。所創通竅活血湯、血府逐瘀湯、膈下逐瘀湯、補陽還五湯、少腹逐瘀湯等，分治五十余種瘀癥及半身不遂、癱痿、痹癥及難產等，實發前人之未發，且多可在臨床收到殊效。中醫學活血化瘀理論的建立，本書實有肇化之功。此外，書中一再體現出不遵經、不崇古的革新創造精神。例如：他否定天花病因的“胎毒論”、否定“胎在子宮、分經輪養”之論，認為“抽風不是風”，是因氣虛而血瘀。他接受“靈機記性不在心在腦”之新“腦髓說”，并作了自己的發揮。《醫林改錯》體現了中醫學家革新的勇氣，其錯失之處，也是由于時代局限，不能親自動手解剖以致未有精細觀察和進行實驗所致。

　　十八、《重樓玉鑰》
　　《重樓玉鑰》為喉科專著，鄭梅澗于乾隆年間撰。鄭梅澗根據家藏本及個人經驗心得、撰成《重樓玉鑰》，之后經人輾轉傳抄，傳至天津，于道光十八年(1838)方由馮相等予以刻行。其子承翰(一作瀚，字苦溪，號樞扶)，子鐘壽(祝三)等繼家學，世稱“南園喉科”。鄭承翰于1804年另撰《喉白闡微》1卷，一并刊行；又有方成培《重樓玉鑰續編》2卷，亦附刊于內。此書為喉科名著，故翻印次數較多。
　　本書卷上共17則，首列“咽喉說”等八篇為咽喉病總論，言病因、證治及不治之癥等；又列36種喉風名目，將咽喉、口齒、唇舌各癥均以“風”名，包括牙疳、喉間發白(白喉)等癥，其治以紫地湯化裁。卷下“風針訣”，包括行針手法、補瀉，禁忌及咽喉科常用的十四經經穴。此書對白喉診治及宜忌尤詳，主治之方為養陰清肺湯。實為今日抗白喉合劑的祖方。

　　十九、《厘正按摩要術》
　　《厘正按摩要術》4卷，刊于光緒十四年(1888)，著者張振，張質(幼樵)校訂。
　　此書卷一辨證，除四診八綱之外，尤側重小兒望診，并載胸腹按診法，為同類文獻所罕有；卷二論立法，包括按、摩、掐、揉、推、運、搓、搖等八種手法，及針灸、淬、砭、浴、熨、汗、吐、下等近三十種治法，卷三論按摩取穴原則，強調八綱辨證與循經取穴之重要；卷四收錄小兒常見病24種，如驚風、疳癥等，述其治療經驗及推拿和多種內服外治方藥。尤其本書詳于辨證、立法、考穴，且以手法見長，并于每一手法均經圖說明，甚具特點，為臨床家所歡迎而易施行。