明之后期，政權(quán)愈來愈見腐朽。公元1644年3月18日，李自成率農(nóng)民起義軍攻陷北京，明王朝宣告滅亡。時(shí)當(dāng)東北地區(qū)女真民族，在努爾哈赤、皇太極、福臨祖孫三代努力下，重新崛起之際。族名改稱滿族，組成八旗子弟兵屢犯明朝地方政權(quán)，經(jīng)濟(jì)和軍事實(shí)力大振，覬覦關(guān)內(nèi)。明朝總兵吳三桂在與李自成接戰(zhàn)同時(shí)，引清兵入關(guān)。李自成回師北京，于4月29日即皇帝位，國號(hào)“大順”，但于次日即退出了北京。于是清軍順利入京，并正式建立了清王朝。
　　滿族入主中原，由奴隸制度急劇過渡到封建制度，大力加強(qiáng)封建集權(quán)統(tǒng)治制度。內(nèi)閣之上，另設(shè)“議政王大臣會(huì)議”(后為“軍機(jī)處”)，是最高決策機(jī)構(gòu)，直接對(duì)皇帝負(fù)責(zé)，全由滿族貴族組成。地方行政分屬總督、巡撫、布政使、按察使及知府、知縣等各級(jí)長(zhǎng)官，滿漢兼任，但唯知府以下方準(zhǔn)多用漢人。從康熙到乾隆，既建成了這樣一個(gè)滿漢合一的統(tǒng)治政權(quán)模式，又將中國的封建制度推到了頂點(diǎn)。
　　“康乾盛世”，社會(huì)經(jīng)濟(jì)發(fā)展。獎(jiǎng)勵(lì)墾荒，輕舶薄賦，懲治貪污，興修水利，節(jié)約開支，至康熙四十八年(1709)，戶部庫存銀已由原先的1000余萬兩增至5000多萬兩，出現(xiàn)了相當(dāng)安定和繁榮的局面。雍正即位，進(jìn)一步發(fā)展為“攤丁入畝”政策，等于取消了千百年來實(shí)行的“人頭稅”。其結(jié)果，全國人口大大增加，公元1661年統(tǒng)計(jì)人丁戶口為1900多萬。公元1711年亦僅2462萬，而至公元1774年，全國人口已猛增至22102萬。
　　清統(tǒng)治者沉溺于奢侈生活，對(duì)外部世界資本主義的發(fā)展并無察知，對(duì)民間資本主義的萌芽，也無認(rèn)識(shí)。
　　明末清初社會(huì)動(dòng)亂時(shí)期，出現(xiàn)過一批偉大的先進(jìn)思想家，如方以智、王夫之、顧炎武、黃宗羲、唐甄、顏元等。他們的政治主張基本上是反清的，因此多被下獄，或避地隱居。哲學(xué)上，他們批判宋明理學(xué)，闡發(fā)“經(jīng)世致用”和“氣”的物質(zhì)性原理。為了鞏固統(tǒng)治，康熙帝等大力推行宋明理學(xué)，把孔子，祭朱熹，將其列入十哲，并親撰“圣諭”以為弘揚(yáng)。雍正還規(guī)定《圣諭廣訓(xùn)》必須家喻戶曉，能夠背誦。儒臣大受寵用，《朱子全書》、《性理精義》等四處發(fā)送。為了打擊一切有反清嫌疑的文人，把中國的“文字獄”發(fā)展到了登峰造極的地步。
　　此外，清朗中期以后的閉關(guān)鎖國政策越來越嚴(yán)厲，也阻礙了西方文化的東漸和交流。順治和康熙都曾優(yōu)渥禮遇明未來華之傳教士湯若望、南懷仁等，康熙甚至請(qǐng)他們?nèi)雽m講學(xué)，使他自己成為中國歷史上最通科學(xué)知識(shí)的皇帝。湯若望除授欽天監(jiān)實(shí)職外，還得到正一品的榮衍。但是，后來因傳教士?jī)?nèi)部爭(zhēng)議，羅馬教皇發(fā)出“禁約”，并兩度派特使晉見康熙，要求改變利瑪竇的傳教法度，禁止中國天主教徒參與祭孔、祭祖、行吊喪之禮及懸掛“敬天”之醫(yī)，理所當(dāng)然遭到康熙斥逐，最后下諭“以后不必西洋人在中國行教，禁止可也，免得多事。”（故宮博物院編《康熙與羅馬使節(jié)關(guān)系文書》第14通）。但實(shí)際上傳教士仍在中國各地活動(dòng)。雍正時(shí)，廣東、福建等省地方官屢有“歐亞人侵?jǐn)_我百姓，蔑視我法律”的報(bào)告，情況已與康熙時(shí)有所不同。后來又考慮到邊疆之患及思想體制之被淆亂，乃有乾隆朝下令閉關(guān)鎖國。商人及知識(shí)分子一概不準(zhǔn)到海外貿(mào)易、考察，漢人出洋者為“自棄王化”，不論官民一律殺頭，沒收貨物財(cái)產(chǎn)，并且坐連保甲屬官。至此，就從原來的因保護(hù)主權(quán)而閉關(guān)鎖國發(fā)展成對(duì)一切外來文化和經(jīng)濟(jì)交流均予析拒的自閉政策了。這樣，中國歷史性地失去了一次與外部世界交換認(rèn)識(shí)、爭(zhēng)取同步前進(jìn)的機(jī)會(huì)。
　　在上述背景下，清代前中期的醫(yī)學(xué)發(fā)展，呈現(xiàn)出一個(gè)比較錯(cuò)綜復(fù)雜的局面，中醫(yī)學(xué)傳統(tǒng)的理論和實(shí)踐經(jīng)過長(zhǎng)期的歷史檢驗(yàn)和積淀，至此已臻于完善和成熟，無論是總體的理論闡述，抑或臨床各分科的實(shí)際診治方法，都已有了完備的體系，而且療效在當(dāng)時(shí)的條件下是卓著的，與世界各國醫(yī)藥狀況相比還略勝一籌。尤其是溫病學(xué)派形成，在治療傳染性熱病方面，降低死亡率、預(yù)防傳染，起到了積極作用。其中人痘接種以預(yù)防天花方法的大力推行，更是中國乃至世界醫(yī)學(xué)史上光輝燦爛的一頁。次如解剖學(xué)的革新趨向，也說明了中醫(yī)學(xué)在努力尋找新的突破口。
　　但是，長(zhǎng)期的閉關(guān)自守，濃厚的尊經(jīng)風(fēng)氣使這一時(shí)期的醫(yī)學(xué)停滯于既有的“完美”，而不能真正全方位地有所突破。西醫(yī)傳入的勢(shì)頭在清初之后不久就低落下來，新鮮的知識(shí)和觀念沒有機(jī)會(huì)進(jìn)入中醫(yī)社會(huì)，這種沖擊要到清代晚期才真正到來。中醫(yī)界在尋找多途發(fā)展，但時(shí)機(jī)還沒有成熟。