一、中央的醫藥機構
　　(一)太醫院的設置
　　朱元璋自稱吳王之初(1364)，即仿元制設置全國性的醫藥行政管理機構——醫學提舉司。司中設有：提舉、同提舉、副提舉、醫學教授、學正、官醫和提領。吳三年(1366年)，改醫學提舉為太醫監，設少監(正四品)、監遠(從五品)。洪武元年(1368)，仍設太醫院，職官設置亦無大的變動。當時無御醫一職，洪武六年(1373)始設御醫。

　　(二)南北兩京太醫院
　　明代太醫院分為南京、北京兩處。
　　洪武元年(1368)，南京太醫院設有院使、同知、院判、典簿，洪武十四年(1381)改設太醫令1人，太醫丞1人，吏目1人，御醫4人。洪武二十二年(1389)，又改太醫令為院使，太醫丞為院判。永樂十九年遷都北京后，南京太醫院僅設院判、吏目各1人，掌管醫事，下設醫士和醫生。同時于北京建太醫院，設院使1人，院判2人，御醫4人(后增至18人)，吏目1人。隆慶五年(1571)設御醫10人；吏目10人，下設醫官、醫生、醫士若干人。
　　兩京太醫院均設有生藥庫，設大使、副大使各1人，掌管藥物。每年藥材由產地派人解納，按藥材的質量、炮制、燥濕程度分類。由太醫院御醫和藥庫大使辨驗入庫，禮部派人監放并登記造冊，一式兩份，一留太醫院備案，一送禮部查考。生藥庫年入庫量很大并逐年增加。

　　(三)太醫院的分科
　　明代太醫院分為13科，即大方脈、婦人、傷寒、小方脈、針灸、口齒、咽喉、眼、瘡瘍、接骨、盎鏃、祝由、按摩，同元代13科相比，風科改為傷寒，金瘡分為金鏃和瘡瘍兩科，雜科改為按摩，取消了禁科，較前代更適合臨床需要。
　　太醫院要求御醫以下各專一科。隆慶五年(1571)太醫院有御醫、吏目共20人，統領13科，每科由一到數名御醫或吏目掌管，下屬醫士和醫生，各科御醫或吏目人數為：大方脈5人，傷寒4人，小方脈2人，婦人2人，口齒、咽喉、瘡瘍、正骨、痘疹、眼科、針灸各1人，下屬醫士醫生70余名。

　　(四)太醫院的職能
　　1、醫療保健
　　太醫院御醫以上每天分兩班在內府御藥房值班，為皇帝及內宮嬪妃服務。遇皇帝出巡，太醫院醫官作為隨行，沿途為皇帝、隨行官員和侍衛作保健服務。
　　各親王府、藩王府及接待外賓的會同館均設有醫官，他們遇有疑難病癥，常向太醫院請求醫藥方面的幫助。明代規定，各王府請醫，不能直接向太醫院提出，須上奏皇帝，經批準后由太醫院奉旨派遣醫官或醫士前往診治。文武大臣及外國酋長有病，太醫院亦奉旨往視，將治療結果具本覆奏。發現疫情，太醫院有向軍隊、監獄、邊關隘口等處派遣醫官治療的任務。
　　2、醫官的任免與派遣
　　全國各府、州、縣的醫學機構中的醫官，均由太醫院考核委派�！睹魇贰ぢ毠偃份d，全國各府、州、縣的惠民藥局，邊關衛所等處所設醫官、醫士、醫生，俱由太醫院派遣，年終考查其功過，以為升遷任免之據。據《古今醫統大全》卷三記載，明太醫院外遣醫官達150人。

　　二、宮廷醫事制度
　　明代宮廷除為皇帝服務的御藥房外，還設有專為皇太子、后宮嬪妃和王府服務的醫療機構。

　　(一)御藥局和御藥房
　　吳元年(1364)，朱元璋設尚藥局，尚藥御奉品階為正六品。洪武六年(1373)，內府設御藥局，始置御醫。御藥局設尚藥御奉2人，直長2人，藥童10人，俱以內臣充之。御醫4人由太醫院醫官擔任。御藥局主要任務是監制御用藥餌，兼管收儲各地進貢的名貴藥材。
　　1373年又設御藥房，由提監、太監理其事，近侍醫官無定員，分兩班掌管御用藥餌，官階與太醫院醫官相似。
　　嘉靖十五年(1536)，改御藥房為圣濟殿，又設御藥房，由御醫輪流值班。萬歷三年(1575)，圣濟殿造御藥庫關防印一枚，由提督太監收管，以憑傳取，年終將傳取藥材及剩余數額等項造冊，送禮部查考。

　　(二)東宮典藥局
　　洪武二年(1369)，東宮設典璽、典藥、典膳、典服、典兵、典乘六局。每局設局郎1人，局丞1人，內使10人。典藥局郎、局遠及內使負責皇太子的醫療保健。
　　京師各親王府在承奉司下置司藥2人，以司親王府的醫藥工作。建文間(1399～1403)。京師親王府增設典藥1人。

　　(三)后宮醫藥機構
　　洪武五年(1372)，后宮設六局，由尚食同負責醫藥，內設司藥2人，掌管醫方和藥物，并有典藥2人，掌藥2人，均由女官充任。永樂間(1403～1424)及其后，這些職務均轉由宦官擔任。
　　皇后及嬪記有病，多由太醫院醫官診視。后宮設安樂堂，專供后嬪養病；設有月子房，供宮內孕產用。后宮設醫官3人，醫士36人，還配有穩婆、乳婆、醫整數十人。

　　(四)王府良醫所
　　明代備藩王府均設良醫所，主管王府醫療保健。洪武四年(1371)，良醫所設良醫正、良醫備1人，壽官數人，俱從文官，由太醫院推薦，吏部任命。杰出醫藥家王履、李時珍等曾任過王府良醫。

　　三、地方的醫事制度
　　洪武十七年(1384)規定，府、州、縣均設專職醫官。府設醫學正科1人，州設典科1人，縣設訓科1人，負責轄區的醫藥衛生。據《順天府志》等載，各縣還設有惠民藥局、養濟院和安樂堂。

　　(一)惠民藥局
　　明代沿襲宋元舊制，于洪武三年(1372)在南京、北京及各府、州、縣均設惠民藥局，兩京惠民藥局由太醫院統轄，設大使、副使各1人，各府惠民藥局設提領，州、縣設醫官。
　　惠民藥局是為平民診病賣藥的官方機構，掌管貯備藥物、調制成藥等事務，軍民工匠貧病者均可在惠民藥局求醫問藥。遇疫病流行，惠民藥局有時也免費提供藥物。
　　惠民藥局的設置及管理均很不完善，許多藥局有名無實或有醫無藥，或局舍破敗。

　　(二)社會福利組織
　　洪武七年(1374)，設養濟院，收養鰥寡孤獨貧病無依者，工匠、軍人及其他老弱病殘者，都是收養對象，院中有醫官擔任治療。所需物資由所在府、州、縣按時供給，永樂間(1403～1423)全國州、縣普遍建立養濟院。水樂十五年(1417)，京師民工中疾病流行，為此設立了一座臨時性的民工醫院，稱安樂營。
　　明末廣東出現民辦育嬰所。據《廣東通志》裁：廣東馬應勛，字目明，建育嬰所，存活嬰孩無數。洪武三年(1370)，令全國各州、縣設立義冢，掩埋遺骨。各州縣奉令擇寬閑地立義冢，凡貧窮無地可葬者，均可葬于其處，并禁水葬和火葬。天順四年(1460)，京師于崇文、宣武、安定、東直、西直、阜城等門外，各置涌澤園一所，以收埋遺骨。

　　四、民間醫學團體
　　隆慶二年(1568)，我國建立了最早的民間醫學學術團體“一體堂宅仁醫會”，它是由徐春甫等在北京發起和創辦的，據徐春甫《醫學入門捷徑六書》中所載�！耙惑w堂宅仁醫會錄”一文，可窺見其組成、宗旨和會款等內容。宅仁醫會的成員多為集于京都來自全國各地的名醫；會中多數人來自安徽，如徐春甫之師汪宦、新安名醫巴應奎等：還有來自江蘇、河北、湖北、四川、福建等地的名醫，先后入會者達46人。醫會的宗旨在于探討醫藥學術，要求會員深入研究《內經》及四家學術之奧秘，提高醫療技術；講求醫德修養，深戒循私謀利，會員間真誠相待。存善去過，團結互助，患難相濟。醫會提出22項會款作為對會員的具體要求。具體款項為：誠意、明理、格致、審證、規鑒、恒德、力學、講學、辨脈、處方、存心、體仁、忘利、自重、法天、醫學之大、戒貪鄙、恤貧、自得、知人、醫箴、避晦疾。從治學內容、方法、態度到醫學家應具有的思想素質、道德品質、處世接物方法、對待患者的態度等，都作了具體規定。