二、《素問玄機原病式》
　　《素問玄機原病式》，劉完素撰，一卷，刊于1186年。現主要版本有《劉河間傷寒三書》本，1983年人民衛生出版社注釋本等。該書十分重視運用五運六氣，盛衰勝復等理論，分析闡發人體發病特點及其規律。
　　在病機認識上，作者又歸納出《內經》病機十九條，所列病證病性的特點，得出“火熱病機”為多的結論，并創造性地提出治療火熱病應辛涼解表、瀉熱養陰等原則，一改以往用辛溫法治療外感熱病的百年舊習。這一思想成為后世寒涼派的主要理論基礎，并對明清時期溫病學的形成、發展產生重要影響。
　　該書倡導《內經》“亢害承制”理論，五行學說生克制化理論進一步深化、發展，應用于疾病的病機研究及治療之中，這為認識疾病變化本質與表象的關系，開拓了一條新路。
　　該書為劉完素的代表作，問世后，影響日益擴大，成為金元醫學創新理論興起的重要開端，從文書所論看，對火熱病過分強調，雖為糾弊，但亦有偏頗，后人有所批評。

　　三、《儒門事親》
　　《儒門事親》，張從正撰，十五卷，成書于1228年，又有十四卷本(《古今醫統正脈全書》輯本)。書中前三卷為張從正親撰，其余各卷由張氏口述，經麻知幾、常仲明記錄、整理而為完書。現存主要版本有：明朝嘉靖辛丑三月木刻本，《古今醫統正脈全書》本。
　　全書各卷由諸篇論文匯編而成，每卷含數篇論述，有說、辨、記、解、誡、箋、詮、式、斷、論、疏、述、衍、訣等體裁。包括：“事親”本書。治百病法，十形三療，雜記九門，撮要圖，百法心要，三法六門，“三消論”(劉完素)，扁鵲華佗察聲色定生死訣要，世傳神效方等幾部分內容。
　　該書注重闡發邪實為病的理論，倡導攻下三法治療諸病。書中以六邪歸納諸病之因，以三法治之，名之為“六門三法”，此即為該書創立的“攻邪論”的主要思想。
　　在具體應用汗吐下三法時，作者從治法范圍，適應證、禁忌證等方面作了系統闡述，較前人認識有了較大的擴充。三法均有具體用法、注意事項、禁忌證，應用范圍廣泛，內容豐富，所用藥物遵崇完素，偏于寒涼，頗有心得。
　　同時書中對應用補法有獨到見解，認為邪去后才可言補，重在以五谷、五菜、五果、五畜、五菜充養之，并批評世風好補之偏。
　　后人對該書突出的攻邪論思想給予了充分肯定，但是，因為該書治病偏于攻邪，也受到一些醫家如朱丹溪的批評。

　　四、《醫家啟源》
　　《醫家啟源》，張元素撰，三卷，撰年及刊行年均不詳，現存最早版本——元刻本前，有題為張建（吉甫）所作序一篇，稱該書系張元素為教其門人而著，1232年后潔古弟子李杲特請張建為該書寫序。該書在元末以前未見其他文獻提及，也無流傳的記載，書中內容亦有后人整理痕跡，其是否為張元素親撰有待進一步考證。現存主要版本有：元刻本，明正德五年（1510年）刻本，人民衛生出版社1978年點校本。
　　全書分上、中、下三卷，上卷分別介紹了天地六位臟象圖，手足陰陽臟腑十一經脈證法，三才治法，三感、四因、五郁之病，六氣主治要法，主治心法九門等內容；中卷列《內經》主治備要、六氣方治、闡發五運六氣主病理論，主要吸收劉完素的觀點，并按六氣方治分類法，載方62首；下卷為用藥備旨，著重癇述藥物氣味厚薄、寒熱陰陽、升降沉浮、引經報使等藥物理論，及五行制方生克法等內容。
　　書中重視臟腑辨證施治的思想，對后人產生較大影響。
　　在藥物理論上，創立和倡導藥物歸經，引經報使說。在藥物、方劑理論上的發揮，使臨證辨證用藥選方理法具備，分類詳晰，又更有針對性，成為系統、實用的藥物學理論，為后世醫家廣泛采用。該書較集中地反映了張元素臟腑學說、藥物理論及臨床用方等學術思想。

　　五、《內外傷辨惑論》
　　《內外傷辨惑論》，李杲撰，三卷，1232年成書，1247年刊訂。是李杲生前定稿并作自序的唯一一部著作。現主要版本有《東垣十書》本，《四庫全書》本，1959年人民衛生出版社鉛印本。
　　該書卷上為辨證，詳論陰證、陽證、脈象、寒熱、外感八風之邪，手心手背，口鼻，筋骨四肢，頭痛，氣少氣盛，不惡食，不渴，勞役受病，辨證與中熱等諸證候內傷與外感之別；卷中為飲食勞傷、四時用藥加減、暑傷胃氣等醫論及補中益氣湯、神圣復氣湯等方論內容；卷下為用藥所宜、所忌，以及酒客病，臨病制方，隨時用藥等內容。
　　全書圍繞飲食勞倦所傷而致脾胃病的診察及治療用藥等理論作了較全面而系統的闡述。突出了脾胃盛衰在內傷病的發生、發展、變化中的重要地位，并由此在內傷諸疾的治療中加以充分體現，如特制補中益氣湯等方，重用黃芪，配以升麻諸品，以補土生金，升清降濁。
　　該書所反映的理論思想，受到歷代醫家的高度重視，成為反映李杲學術思想及其發展的最重要的著作之一。

　六、《陰證略例》
　　《陰證略例》1卷，元·王好古撰。按作者書后題記，該書在不斷增補的過程中，先后有三種抄本傳世，其內容多寡不一。最后增補本定稿于1236年，現存最早刊本是元代杜思敬的《濟生拔粹》本，但內容較少，1879年陸心源將最后增補本收入《十萬卷樓叢書》中，由此得見該書全貌。現存《陰證略例》主要版本有：《濟生拔粹》本、《十萬卷樓叢書》本、《三三醫書》本、《中國醫學大全》本、《叢書集成》本、1956年商務印書館鉛印本、1985年江蘇科學技術出版社鉛印點校本。
　　《陰證略例》是研究傷寒陰證的專著。該書首列“歧伯陰陽脈例”；次述潔古老人及作者自己的“內傷三陰例”；繼則引述伊尹、扁鵲、張仲景、朱肱、許叔微、韓祗和等傷寒大家關于傷寒三陰證的論述，其間多雜有王氏注文及所附方藥；而后列作者“陰證例總論”20余條，書末附“海藏治驗錄”一篇，記載王氏醫案8則。

　　七、《脾胃論》
　　《脾胃論》，李杲撰，三卷，1249年成書，為其晚年之作，也是集中反映他學術理論的代表著作，刊行于李氏身后。現存主要版本有：《東垣十書》本，《四庫全書》本，人民衛生出版社1957年影印本等。
　　全書由醫論38篇，方論63篇組成，分上、中、下三卷。上卷分別闡述了脾胃生理特性，病理變化，及在發病學上的認識意義，宗《內經》、《難經》之旨而發揮之，并附升陽益胃湯等諸方論述各證治療之法；中卷就氣運衰旺、飲食勞倦熱中證等專題作進一步闡發，并譯述補中益氣湯、調中益氣湯等補脾胃諸方的主治應用、加減配伍；下卷著重論述脾胃虛損與其他臟腑、九竅的關系，以治療飲食傷脾等證諸方、有關治驗。
　　全書遵崇《內經》“人以水谷為本”的宗旨，以“人以胃氣為本’的思想為基礎，著力闡發“內傷脾胃，百病由生”的病機理論，倡導培補脾土、潛降陰火的治則思想，形成較為系統的脾胃內傷病的辨證論治理論體系。書中用方雖多延用《內外傷辨惑論》，但又作了進一步的理論闡發，總以培土補中，甘溫除熱，甘寒瀉火為原則。

　　八、《衛生寶鑒》
　　《衛生寶鑒》，羅天益撰，共二十四卷，補遺一卷，撰年不詳，刊行于1281年。該書元刻本因戰亂而散失，現所存最早版本見于元代杜思敬編纂的叢書《濟生拔萃》，但內容不完整。1417年楊榮、韓公達曾校刊此書，后世流傳不多。現存主要版本有：1846年李錫齡校刊的《惜陰軒叢書》本，商務印書館1959年鉛印本等。
　　全書共25篇，主要有“藥誤永鑒”：以病案形式，結合一個專題進行辨析，以警示后學及同行不要犯誤治之錯，“名方類集”：精選古今效方766首，以證系方，理法具備，論述臨證各科疾病的診治。為該書主要部分，“藥類法象”：簡述張元素、李杲的藥物學理論，如性味、功效等；“醫驗記述”：載錄作者長期從事臨床的診治經驗，內容豐富；最后為“補遺”，選輯張仲景以下諸家有關外感、中暑等病證的驗方，為元代以后他人所補充之內容。
　　該書理論上本于《素問》、《難經》以求其因，并充分吸收李杲的“脾胃學說”及張元素、張璧、錢乙等醫家的認識，圍繞臨證臟腑雜病的辨證論治理論進行系統闡發，具有鮮明的“易水學派”特色。
　　在臨證用藥時，以很大篇幅介紹潔古、東垣的有關藥物理論，并強調藥證相對、名實相符、隨證加減等靈活的辨證用藥思想。

　　九、《此事難知》
　　《此事難知》，王好古撰，三卷，刊行于1308年。該書主要為編集其師李杲的醫學論述，其中也反映了王好古的有關醫學思想。現存主要版本有《濟生撥萃》本，《古今醫統正脈全書》本，江蘇科技出版社1985年校注本等。
　　全書分上、下二卷、附錄三部分，共載專題論述104篇。上巷主要論述臟腑、經絡的生理、病理，六淫所犯，辨證要點，五經（缺厥陽經）證治有關問題，其中傷寒內容最多；下卷廣泛涉及《內經》、《難經》，脈法、針灸等有關問題，常附圖表以助述；“附錄”主要為病證診治法內容。
　　該書主要圍繞傷寒五經證的有關問題如“太陽六傳”、“入陰者可下”、“婦人經病”等作了詳細闡發，某些見解有獨到之處。如認為氣病在表，誤用血藥，無傷，為安血而益陰；反之血病在里，誤用氣藥如白虎湯等，則有害，因易致瀉肺而損陰。既強調治病求本，又主張分別病情采用不同治法，如提出初治之道，當寬猛相濟，末治之道，又宜寬緩，三法各有主證、應用法。

　　十、《無冤錄》
　　《無冤錄》系法醫學專著。元代王與撰，初刊于至大元年(1308)，于1323～1346年間又經王與修訂再版。該書分三部分，第一部分包括“今古驗法不同”至“病死罪囚”共13項，是介紹王與自己檢尸的經驗；第二部分為元代的檢驗制度，其中許多檢尸規定為《元典章》所未載，是研究法醫學史的珍貴資料；第三部分題為卷下，包括“檢覆總說”等，共43項，是根據儒吏考試程式(結案式)、洗冤、平冤二錄匯編而成的。
　　現今完整的《無冤錄》有：《枕碧樓從書》(1909年)本《無冤錄》，《無冤錄輯注》(1915年)，《敬鄉樓叢書》(1929年)本《無冤錄》等，后兩本是朝鮮《新注無冤錄》在我國的重刊。

　　十一、《飲膳正要》
　　元·忽思慧編撰，全書共3卷。成書于元文宗天歷三年(1330)，并于同年刊行。元刻本已失，今存有明經廠刊本及幾種近現代的彩印本。
　　本書是一部珍貴的蒙元宮庭飲食譜，也是現存最早的我國古代營養保健學專著，具有多方面的較高的學術價值與史料價值。其內容大略可分為如下三部分，一是養生避忌，妊娠，乳母食忌，飲酒避忌，四時所宜，五味偏走及食物利害，相反，中毒等合療的基礎理論；二是聚珍異饌，諸般湯煎的宮庭飲食譜153種與食療方61種，以及所謂神仙服餌方法24則；三為食物本草，計米谷品、獸品、魚品、果品、菜品、料物等共230余種，并附本草圖譜168幅。全書另有21幅精美插圖，為古代線描版畫。
　　本書內容涉及現代營養衛生學的各主要方面，交織反映了當時國內各民族飲食醫藥文化的成就，尤其突出體現了蒙族人民別具一格的醫藥飲食文化。本書還充分反映了元代中外醫藥文化交流的史實，收載了一些前代本草未載的藥物，并且是現存唯一的元代本草圖譜。在元代本草著述少有流傳至今的情況下，本書食療本草部分的內容彌足珍貴。

　　十二、《外科精義》
　　元·齊德之撰，共2卷，撰年不詳，刊于1335年，后于明代嘉靖年間(1522～1566)被收入《東垣十書》中，今有明初刊本、嘉靖本、《醫統正脈》本、《四庫全書》本、《中國醫學大成》本等，1956年，人民衛生出版社出有影印本。
　　本書系博采《內經》、《難經》等古典醫籍與扁鵲、張仲景、華佗等有關外科的名論，又結合本人的臨證經驗而匯集成編。卷上為外科醫論，有瘡腫診候入式之法、瘡腫診治等論述35篇；卷下為諸家行之有效的湯、丸、散、膏、丹等方劑145首，并附有論炮制諸藥及單方主治瘡腫法。診斷方面臺調四診合參，尤其注重外現形色與脈診，并將26種脈象結合瘡瘍臨證特點作了詳細論述，成為本書的一個特點。

　　十三、《永類鈐方》
　　《永類鈐方》，李仲南撰，二十二卷。1331年成書，初由李仲南集成，后經孫允賢補訂，原名“錫類鈐方”，后改名“水類鈐方”，現存主要版本有北京大學出版社1983年根據元代至順年間刻本影印本。
　　該書卷1為診脈圖訣，風、寒、暑、濕四中四傷鈐田方論；卷2～7列傷寒、雜病證治內容；卷8為“南陽活人書傷寒集要方”；卷9～10為“和劑局雜病方集要”；卷11～14輯錄宋元間諸醫親病治驗方；卷15～17為婦科證治方論；卷18～19為產科證治方論；卷20為兒科學證治內存“全嬰總要”；卷21為骨傷科證治方論。
　　書中以圖散形式對比論述“傷寒”與“雜病”兩大證候的脈、病、證、治等內容，并以三因之說加以闡發，綱目清晰、明了，骨傷科病證中，載錄了多種骨折、脫臼、整復、夾板固定法，和若干醫療器械、方藥等內容。其中首創的過伸法處理腰椎骨折，豐富了創傷骨科的診斷治療經驗。

　　十四、《世醫得效方》
　　《世醫得效方》，元·危亦林撰于至元三年(1337年)，經太醫院審閱后，于1345年刊行。現存主要版本有：元至正五年(1345年)建寧路官醫提領陳志刻本、明正德元年(1506年)書林魏家復刻本、《四庫全書》本、1964年上海科學技術出版社鉛印本。
　　本書共19卷(《四庫全書》本末附《千金方養生書》1卷，共20卷)，內容按元代太醫院所分13科編排：大方脈科，分總說10則，81種病證；小方脈科，分總說2則，66種病證；風科，分總說3則，7種病證；產科兼婦人雜癥科，分總說6則，27種病證；眼科，分總說2則，8種病證；口齒兼咽喉科，分總說1則，5種病證；正骨兼金鏃科，分總說13則，16種病證；瘡腫科，分總說3則，11種病證；針灸科內容未單列，分散于各科中敘述。
　　本書雖對內、外、婦、兒、五官、骨傷等各科病證及其治療方法、方藥都有敘述，但其主要成就在于骨傷科方面，首次記載了脊椎骨折，并發明了懸吊式復位方法及外固定法，研制“草烏散”用作全身麻醉藥，使藥物麻醉法有了新的進步。

　　十五、《十四經發揮》
　　《十四經發揮》，元·滑壽撰于至正元年(1341年)。該書問世不久，原本即失，其內容由薛鎧、薛已收入《薛氏醫案》才得以保存下來。現存《十四經發揮》版本除《薛氏醫案》本外，還有單行本，如：日享保十六年(1731年)刻本、日寶永六年(1709年)芳野屋權兵衛刊本、日寶歷十二年(1726年)大阪阿內屋喜兵衛刻本、1986年上海科學技術出版社校注本，等等，但上述單行本都源于《薛氏醫案》。
　　《十四經發揮》共分3卷，每卷1篇。卷上為“手足陰陽流注篇”，總論陰陽經脈氣血流注次序；卷中為“十四經脈氣所發篇”，論十四經循行路線、腧穴位置及手足十二經“是動”病的臨床表現；卷下為“奇經八脈篇”，論奇經八脈的循行部位、生理功能和病理變化。書中把督任二脈提高到與十二正經同等的地位，是對經絡學說的發展。把657穴全部分屬于十四經脈，也是滑氏的一大發明，他所倡導的循經取穴方法，一直為后世針灸醫生所遵從。

　　十六、《格致余論》
　　《格致余論》，元·朱震亨撰，現存主要版本有：元刊本、明正德間刊本、《東垣十垣》本、《古今醫統正脈全書》本、日寬文五年(公元1665年)村上兵勘衛新刊本、《四庫全書》本、《叢書集成》本、1956年人民衛生出版役影印本。
　　《格致余論》是朱氏醫學論文集，全書1卷，共收醫論42篇，涉及內容相當廣泛，篇次排列沒有規律，頗有隨筆雜記之韻味，若不拘原書篇序而按所論內容分類，則大致有：論蘇生者，有“飲食色欲箴”、“養老論”等；論生理病理者，有“受胎論”、“陽有余陰不足論”等，論診斷者，有“澀脈論”、“治病先觀形色然后察脈問證論”等；論治則者，有“治病必求其本論”、“大病不守禁忌論”等；論具體病證者，有“痛風論”、“瘧論”等；論具體方藥者，有“脾約丸論”、“石膏論”等。另外，還有其他雜論數篇。
　　在人體生理方面，朱氏重視陰血，認為陰精難成而易虧，提出著名的“陽有余陰不足論”；在病因病機方面，朱氏重視濕熱，相火，特撰“相火論”，指出正常相火雖為人身動氣，但若因物欲妄動，則可成為賊邪；在治療上，宋氏注重滋陰、養血、清熱，互對濫用溫補和盲目攻邪。

　　十七、《回回藥方》
　　作者不祥，約系元時東來的華籍回回醫生(或其從事醫藥活動的后裔)編撰，原書共36卷。編撰年代與刊行情況不詳，今存殘本4卷，計目錄下1卷，58頁；卷12眾風門，63頁，卷30雜證門，63頁；卷34金瘡門、折傷門、針灸門、湯火所傷門、棒瘡門、治人齒所傷門，49頁。明紅格抄書，抄寫年代約在明洪武至水樂年間(1368～1403)。現藏北京圖書館。
　　本書用漢文寫成，但在外來藥物譯音后多附有阿拉伯文(待考)，從現存目錄及殘本內容看，本書包括內、外、婦、兒、骨傷及解毒救急等各科疾病證治與方劑，尚有修合藥餌、藥物等內容，書中的醫學理論多本于阿拉伯醫學，又引進了不少傳統中藥的特有藥物與個別中醫方劑，使用了一些中國醫藥術語，實質上是中外醫藥廣泛交流的產物。