二、與歐洲、印度、非洲的醫藥交流
　　此時期中國與阿拉伯諸國并通過這一途徑與歐洲各國醫藥交流頻繁，元代蒙古人西進與歐洲人多次交戰，此時西方諸國也曾派遣傳教士來華，并在北京設有主教和教堂。這一切都促進了東西方醫藥的交流。法國傳教士盧白魯克受法蘭西國王圣路易之命，出使撻靼諸王之廷，他著有《紀行書》，其中談到了中國的風土人情和醫藥情況：他本人原通醫術，曾在教堂中為平民百姓治過病。
　　元蒙時把西方來的醫師和阿拉伯醫師視同一體，因為中古時代的阿拉伯是溝通中亞與歐洲文化的渠道，很多希臘文譯成阿拉伯文，從某種意義上說，當時阿拉伯和歐洲的科學文化是融為一體的。因此傳入中國的回回藥中有阿拉伯醫藥成份，但更主要的還是希臘、羅馬醫學的體系。

　　三、與朝鮮醫藥交流
　　契丹、女真聚居地與朝鮮直接接壤：據《高麗史》載，在古代，契丹與朝鮮、女真與朝鮮之間經常不和，也有修好之時，修好之時互貢方物，進行文化交流。
　　元代，中朝兩國之間的醫藥交流比較密切。兩國之間互派醫生診病傳醫術。元世組至元十二年(1276)八月，元帝遣德新等醫生抵高麗王宮，至元三十年，(1293)十一月，高麗王派將軍高世來中國向元帝請求派醫生，同年十二月，元帝派太醫姚生赴高麗。元成宗元貞三年(1297)六月，元遣太醫王得中、郭耕去高麗。元末，中國河間人李敏道去高麗留居，高麗授予他為典醫正和尚山君，于1395年在朝鮮去世。朝鮮也派醫生來中國從事醫療。元世祖至元二十二年(1296)三月，元世祖帝有病求高麗派良醫。高麗先后兩次派尚藥侍醫薛景成來元朝廷，為元帝治病，對此，元世祖帝“賞賜甚厚”。
　　醫事制度方面，高麗忠烈王沿用元制，在司醫署里配備“提點”二名，給銀印。元代的征東行省里設了醫學提舉司，一個時期由高麗醫人擔任了這個司的官職。
　　元代兩國之間的藥材交流比較頻繁。據《高麗史》載，元世祖至元年間，成宗貞元、大德年間以及順帝至正年間，高麗忠烈王和恭愍王先后八次遣使來中國向元朝廷獻人參、松子、木果、榧實等藥物，元朝廷先后九次向高麗王惠贈葡萄酒和香藥等藥物。元世祖中統八年（1267）九月，元世祖患腳腫病，聞見阿吉兒合蒙皮(一種魚皮)做的鞋能治此病，故派必暗赤廉孛魯等9名使者去高麗求此物，高麗元宗王將17個阿吉兒合蒙皮贈送元使。在元代，高麗通過中國輸入引沉香等南國產藥物。據《高麗史》載，元惠宗年間，浙江、江蘇一帶的地方官張士誠、張國珍、王晟等人經常向高麗贈送了沉香等南國藥物，燒酒蒸餾法也是在元代傳去朝鮮的。

　　四、與日本的醫藥交流
　　元朝對日本的海禁不嚴，甚至頗為寬大。日本方面，商人來華頗多，無名僧人更多，且皆為搭乘商船到華，由政府派遣者不多。這些商船貿易以織物類為主，但香藥自古仰仗中國供給，這個時代自不例外。
　　此期間，日本國內有名醫于嘉元元年(1303年)撰《頓醫抄》50卷，正和四年(1315年)又撰《覆載萬安》62卷（劉伯驥《中國醫學史》第671頁，華崗出版部出版，臺北，1971年），內容與《醫心方》相近，據說其自稱讀方書二百余部、二千余卷，皆漢魏唐宋經驗之方，加以試效而纂集并附己意而成。內容大抵引述宋以前中國醫籍，而新奇疾病名目增加，病理主探五運六氣學說。又有僧有鄰于貞治年間(1362～1367年)撰《褐田方》12卷，集和漢醫著100余部，亦蔚為大觀。

　　五、與東南亞各國的醫藥交流
　　據《大越史記》所載，元代針灸醫生鄒庚到越南行醫，治病神驗，被譽為“鄒神醫”。官至宣徽院大使兼太醫使，元世祖也曾數次贈醫藥于安南國，《新元史》記載占城輸入中國的藥物有犀角、龍腦、沉香、乳香、豆蔻等，1291年羅斛國(今緬甸)遣使入貢犀角、龍腦等（明·宋濂《元史·世祖紀》，卷十三）。
　　元·周達觀于元貞元年(1295)隨使赴真臘(今柬埔寨)訪問，兩年后返回，在其著《真臘風土記》中記述了真臘出產的犀角、降真香、豆蔻、紫梗、大楓子油等藥。在該書“欲得唐貨”中記載了中國的麝香、檀香、草芎、白芷、焰硝、硫黃、水銀、銀珠、桐油等深受真臘人歡迎和喜愛，該書中還記載了真臘人的醫藥衛生風俗。如“男女身上，常涂香藥，以檀麝等香合成。”“(真臘)國人尋常有病，多是入水浸浴，及頻頻洗頭，便自痊可，……亦有貨藥于市者，與中國之藥不類，不知其為何物。”從真臘國當時癩病(相當于麻風病)流行和對大楓子的藥用推測，真臘人已積累了防治麻風病的經驗。

　　六、中外醫藥交流的評價
　　（一）中外醫藥交流，屬于跨文化傳統的范疇。
　　不同文化之間互相一旦有了接觸或碰撞的機會，此種傳通的過程就不可避免地要發生。但是，這一過程的興衰久暫，卻受到其它因素的制約或影響，并不完全是一個自發的過程。中國醫學的固有傳統體系又具有很大的涵容性，外來醫學理論等既無法超越這一體系，也就無從言其沖破。而中醫理論本身卻有寬廣的胸懷和足夠的間隙來接納它們，豐富自己。金元時代外來醫藥達到最為興盛的地步，同時也開始了多種醫藥并存共榮的局面，此實中外醫藥交流史上一段佳話。

　　（二）中外醫藥交流的特點和影響：
　　首先是交流較之過去空前擴大了。而醫家的傳播、吸收也比過去更加增多和有效。例如《回回藥方》、《欽膳正要》的編纂，既是傳播了阿拉伯、回、蒙等族的醫藥文化，同時吸納了中醫文化，本身就有交流結晶的雙重含義。在元代中醫藥學家與回回醫藥學家之間，從未未見有互相非議排斥的記載。即使他們也沒有怎樣合作攜手，至少是和平相處的。各自進行的醫藥治療，必然也是平等競爭，沒有誰壓倒誰或誰取代誰的問題，唯取有效之方也。
　　亦因此，雙方在理論體系上均無大的影響。中醫藥被采納進回回醫藥體系構成之中，但不能改變其來自阿拉伯醫學理論的基本架構；同樣，中醫學采用阿拉伯的香藥治療諸法，也極大的豐富了中醫學治療方藥，而于理論體系根本毫無觸動。互相多是為我所用，取長補短而已。