二、《難經》研究
　　這一時期《難經》研究取得了一定成就。金代醫家紀天錫，精加訪求十余年寫成該書，其后不久，著名醫家呂復時該書力辨前人之非，注解謹密的特色給予了較高評價，張元素也曾撰有《潔古注難經》一書(又稱《藥注難經》)。該書的特點是闡發《難經》奧理，復隨其疾證附以禁忌方論述經解。惜流傳至元末，便失傳了。李駉(子野)《黃帝八十一難經纂圖句解》七卷。李氏深感世人對《難經》理解不深，遂“隨句箋解”，以宋時流傳的前代呂廣等十先生補注之說為宗，言言有訓、字字有訓，撰成該書。
　　這一時期《難經》研究成就最大的是滑壽的《難經本義》(1366)。他追本溯源，考之《靈樞》、《素問》，又及仲景、叔和，以繹其緒，凡諸說善者，均予吸收，并詳細闡發前人未明之旨。該書首列諸圖，后疏本義，辨疑正誤，使全書辭達理明，條分縷解。所以該書誕生后，為后世眾多醫家所重視，成為元代以前《難經》研究方面最重要的一部著作。其他《難經》研究著作還有陳瑞孫《難經辨疑》；王少卿《難經重玄》；袁坤厚《難經本旨》；謝紹孫《難經說》；李駉的《難經注解》(四卷)等，后均亡佚。

　　三、《傷寒》的研究
　　這一時期的《傷寒論》研究與兩宋時期相比要薄弱一些，但也不乏有影響的著作，如在后世《傷寒論》研究中流行最廣的成無已《注解傷寒淪》便出現于這一時期。
　　金元時期，醫學界的學術空氣比較活躍，出現了不少新的學術見解，形成不同的學術流派，在《傷寒論》研究中也反應了這種傾向，例如宋云公的《傷寒類證》將仲景397法，分證50門，派生出484法，列表倍分述。吳恕的《傷寒圖歌活人指掌》針對《傷寒論》，《南陽活人書》增輯若干圖表編纂而成，都是著重于論述傷寒諸證的。王好古的《陰證略例》則提出傷寒陰證的新見解。而馬宗素《傷寒醫鑒》，鎦洪《傷寒心要》以及舊題劉完素撰的《傷寒直格》均以“傷寒”題名，也言六經，也談仲景方，實際上卻是論述溫熱病為主。此外，杜本《敖氏傷寒金鏡錄》專論舌象，并附有簡圖對后世的影響也比較大。

　　(一)成無己首注《傷寒論》：
　　成無己的代表作是《注解傷寒論》，他是全面逐條注解《傷審論》第一家。此書一出，流傳甚廣，超過了《傷寒論》的任何一個其他版本，因而影響也很大。成氏的注解有兩個特點，其一是以“經”釋“經”，即引用《內經》、《難經》的原文來解釋《傷寒論》的醫理，追溯其學術源流。由于中國古代具有崇古尊經的傳統，因而以“經”釋“經”的方法是相當具有說服力的，成氏這一注釋法很受后世注律《傷寒論》者仿效。
　　其二，成氏的注解著重于時病因病機及組方意義的發揮，它的注解中幾乎為傷寒各證每一癥狀都注明病機，每一方劑都說明方義。成氏的這種注解方法條理比較清晰、說理比較明了，使讀者易于理解，使用者便于化裁。因此為后世醫家廣泛效用，已遠不限于《傷寒論》的注解。
　　成無己的另一部著作是《傷寒明理論》。此乃成氏在注解之余發揮本人對《傷寒論》的理解。前三卷對《傷寒論》條文進行橫向聯系，提出發熱、惡寒等五十個傷寒病中的常見癥狀，對每一癥都進行陰陽表里寒熱虛實的分析，實際上是傷寒有關癥狀的鑒別診斷。卷四為“傷寒方論”，成氏從113方中精選出20首，闡發其配伍關系及方藥效用，大多是他的經驗之談，頗值一讀。

　　(二)王好古對傷寒陰證學說的發揮：
　　自宋以降，各家研究《傷寒論》往往詳于三陽證而疏于三陰證。王好古曾與李東垣同學于張潔古門下，在張氏重視臟腑虛損的啟示下，又受到李氏脾胃氣虛理論的影響，盡十余年的心力鉆研《內經》，《傷寒論》的陰陽脈例，并廣泛參照王叔和、朱肱、許叔微、韓祗和等有關陰證陰脈的闡述，提出了一系列對于傷寒陰證的新見解。
　　他首先指出，傷寒是人之大疾，病情最急，而陰證尤為嚴重。因為陰證準辨而難治，鑒于陰證之難辨，王氏分析了陰證的各種變證和假象，闡明病機及鑒別要點。他指出如陰證表現為一身陽氣內消、身表涼、四肢冷、脈沉細則易辨認，若表現為陽從外泄，身表熱，四肢溫、頭重不欲舉，脈浮弦，按之全無力，此類陰證則容易誤診，若用解表發汗之法，會使三焦氣絕造成危證，辨證時，李氏非常強調以診脈為鑒別標準，鑒于陰證之難治，王氏提出“三陰可補”之法，主張“藥當從溫”，尤其強調了溫腎助陽的重要。
　　在眾多《傷寒論》研究著作中，《陰證略例》從陰證入手，打破了治外感與治內傷的界限，用六經辨證的原則把傷寒與雜病的治療聯系起來，可謂是獨樹一幟。雖說其本身在溫陽與養陰的問題上存在一定偏面性，但作為對《傷寒論》一個方面的探討，顯然不可能求全責備。王氏對傷寒陰證的發揮對后世更加全面地理解《傷寒論》很有補裨。

　　四、診斷學研究
　　金元時期診斷學研究成就突出地反映在脈學和舌診上。有些見于有關專著中，有些散在于一些綜合性著作里：

　　(一)脈學：
　　這一時期最突出的脈學專著為滑壽的《診家樞要》(1341)，該書集元以前諸家脈學理論為一體，結合個人認識，詳述脈診體系及辨脈法，共論及浮、沉、遲、數等29種脈象及主病。并闡析了婦人、小兒脈法，內容豐富，尤其在小兒診察指紋方面，認識較前人又更進了一步。
　　張元素的《潔古注脈訣》也是一部內容豐富的脈學專著。該書收有張元素、張壁父子的脈學認識。其特點是詳論脈理，隨脈辨證，隨證附方，兼集諸家之善，適于臨床依脈辨證施治。惜流傳到元代，只存提名張壁的二部節本著作。其他脈學著作還有張壁《脈談》，李杲的《脈理玄微》(疑托名李杲）、佚名《東垣脈訣》(1251年)，托名朱丹溪的《脈決指事病式圖說(又有稱為李杲作)，姚宜仲的《診脈指要》(佚)，鼓起宗撰、明代汪機補訂的《脈訣刊誤集解》以及已佚的呂復《脈系圖》等著作。

　　(二)舌診：
　　這一時期舌診取得了突出成就，出現了我國現存最早的驗舌專著《敖氏傷寒金鏡錄》(1341年)。該書原書名《金鏡錄》，內載辨別傷寒舌法十二首，附舌象圖十二幅，惜后漸失傳，1341年，杜本在上書基礎上，增補24幅舌象圖，共計36幅舌圖，并載方治于圖下。其中24幅專論舌苔，4幅專論舌質，8福兼論舌苔與舌質。舌色有淡紅、紅、青三種，苔色有白、黃、灰、黑四種，舌面有紅刺裂紋等變化，舌質變化有平滑澀刺等，基本包括各種主要病理現象。各圖下附文字說明，并結合脈象，分辨寒熱虛實、內傷外感，論述證治方藥及病證發展、預后。
　　另外，其他著作也有不少有價值的記述，如成無己的《傷寒明理論》辟“舌上苔”篇，對有關傷寒病舌象作了專門論述，內容豐富。李杲的《脾胃論》分析了舌干的各種證候，豐富了察舌辨證的診斷理論。