這個時期是蒙醫藥學發展史上的極盛時期。醫學教育在家傳和師承傳授方式的同時，也有了專門的蒙醫學校和蒙醫學院。這些蒙醫教學機構大都存在于較大規模的寺院中，通稱為“滿巴拉倉”。

    蒙醫學在原有的古代傳統蒙醫初步理論的基礎上，吸收了陰陽學、五大元素（土、水、火、風、空間）學以及印度和藏醫理論精華，在長期的醫療實踐中不斷整理提高，形成了以“氣、膽、痰”學說為主要內容的理論體系。有陰陽、五大元素學說、寒熱對立統一學說、三素七穢學說、六因辨證學說、臟腑經絡學說等內容。其中的六因辨證學說是根據病因進行辨證分析的理論；臟腑經絡學說是按病位做辨證的理論；而寒熱對立統一學說是辨證總綱。這些學說不僅是辨證論治的理論基礎，也是解釋人體生理功能的理論基礎。

    近代蒙醫理論體系的形成和臨床經驗的總結提高，促進了臨床基礎分科及專科研究。近代蒙醫學的臨床分科為內科、骨傷科、瘟病、傳染病、婦科、兒科、皮膚科、五種療法、五官科等。基礎分科為理論基礎（包括診斷）、藥理、方劑學等，各科專著也陸續出現。

    16世紀以后的400余年的歷史時期，蒙古醫學在古代蒙醫傳統醫學的基礎上吸收了漢、印、藏等兄弟民族醫學精華，并在實踐中不斷整理提高，發展成為具有系統理論和豐富民族特色的近代蒙醫學。

    理論體系

    蒙醫藥在長期的臨床實踐中形成了獨特的理論體系、治療方法和用藥理論，并積累了大量的文獻資料，這為蒙醫藥的發展打下了堅實的基礎。

    蒙醫藥學以自然哲學觀點解釋人體與自然環境之間的關系，以統一、整體、辨證的觀點來認識機體生理、病理過程。其理論基礎為三根、五元、七素及六基癥學說。

    蒙醫藥學認為，三根七素是人體進行生命活動的能量與物質基礎，并且也是產生一切疾病的根本因素。人體只要使三根七素保持相對平衡狀態，就能進行正常的功能活動，如果三根出現偏盛、偏衰等反常狀態而失去平衡，機體就會產生疾病。為了保持這種平衡，平時就必須注意合理調配飲食、起居。因此，蒙醫把飲食和起居也列入治療疾病的四施（即飲食、起居、藥物、外治）內容。

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