藥物方劑方面。據(jù)史書(shū)記載，1226年蒙古軍隊(duì)中瘟疫流行，曾用大黃治愈。13世紀(jì)開(kāi)始，隨著蒙古族同國(guó)內(nèi)各民族和阿拉伯、中亞及歐洲各國(guó)的交往及通商，內(nèi)地和國(guó)外的一些藥物進(jìn)入蒙古地區(qū)。蒙古高原的特產(chǎn)肉蓯蓉等藥物也輸送到內(nèi)地和國(guó)外。在元代，有大量的藥材從波斯和中亞入蒙古大國(guó)。1292年，在上都成立了“回回藥物院”，其專(zhuān)用的“回回藥方”一書(shū)共34卷，編入大量的阿拉伯藥方和醫(yī)療經(jīng)驗(yàn)。后來(lái)蒙古醫(yī)學(xué)家官布扎布著《藥方》一書(shū)，收載了印度、西藏、回回、漢醫(yī)藥物和驗(yàn)方。說(shuō)明當(dāng)時(shí)蒙古醫(yī)藥學(xué)在國(guó)內(nèi)外的交流中得到了豐富和發(fā)展。

    在這個(gè)時(shí)期，蒙醫(yī)藥吸收了印度醫(yī)學(xué)理論。14世紀(jì)的著名翻譯家希拉布僧格，曾將印度經(jīng)典《金光經(jīng)》譯成蒙文，傳播于蒙古地區(qū)。該書(shū)第二十四章是阿尤吠陀醫(yī)學(xué)理論指導(dǎo)——四大元素（土、水、火、風(fēng)）及氣、膽、痰學(xué)說(shuō)的簡(jiǎn)要論述，這對(duì)蒙醫(yī)理論的發(fā)展帶來(lái)了一定的影響。這個(gè)時(shí)期，隨著蒙古汗國(guó)及元朝同歐洲各國(guó)之間的交往，阿拉伯醫(yī)學(xué)、意大利的醫(yī)療經(jīng)驗(yàn)，也開(kāi)始傳入蒙古地區(qū)，蒙古醫(yī)學(xué)從中吸取了適合本民族和本地區(qū)特點(diǎn)的醫(yī)療經(jīng)驗(yàn)，豐富了其內(nèi)容。12世紀(jì)時(shí)，蒙古族醫(yī)學(xué)也曾受到畏吾醫(yī)學(xué)的影響（回鹖在蒙元朝成為畏吾或畏吾兒）。與此同時(shí)，蒙醫(yī)骨傷科、蒙古灸等醫(yī)療經(jīng)驗(yàn)也傳入中原地區(qū)和西藏、新疆等地。成吉思汗規(guī)定的“扎撒”（法令）里有“免除醫(yī)生賦稅”的條目。1206年前后，蒙古軍中設(shè)有軍醫(yī)，專(zhuān)門(mén)負(fù)責(zé)戰(zhàn)傷外科。由此可見(jiàn)，當(dāng)時(shí)的蒙醫(yī)不僅在數(shù)量上增多了，而且有了很高的社會(huì)地位。在這個(gè)時(shí)期，蒙古族醫(yī)學(xué)成為具有初步醫(yī)療理論，具有豐富醫(yī)療經(jīng)驗(yàn)的古代傳統(tǒng)蒙醫(yī)學(xué)。

    16世紀(jì)以后，蒙古族經(jīng)歷了明末到清朝的封建社會(huì)和1840年以后的半殖民地半封建社會(huì)。蒙古地區(qū)在經(jīng)濟(jì)方面形成了以牧為主，半農(nóng)半牧并有適當(dāng)手工業(yè)的多種經(jīng)濟(jì)的地區(qū)。文化方面也由于同許多民族的交流，其文化也稱(chēng)多元性質(zhì)。古代蒙醫(yī)學(xué)在這個(gè)階段有了進(jìn)一步的提高，在大量吸收印度醫(yī)學(xué)和藏漢等兄弟民族的醫(yī)學(xué)理論和經(jīng)驗(yàn)后，發(fā)展成為具有系統(tǒng)理論、豐富經(jīng)驗(yàn)的獨(dú)具特色的近代醫(yī)學(xué)。

    16世紀(jì)末以來(lái)，以四大元素（土、水、火、風(fēng)）學(xué)說(shuō)為指導(dǎo)，氣、膽、痰理論為核心的印度醫(yī)學(xué)專(zhuān)著《醫(yī)經(jīng)八支》和藏醫(yī)《四部醫(yī)典》傳入蒙古地區(qū)后，蒙古醫(yī)學(xué)得到豐富和提高。在蒙醫(yī)學(xué)發(fā)展到現(xiàn)代的過(guò)程中，出現(xiàn)了不同的學(xué)術(shù)派別，各派著術(shù)立說(shuō)進(jìn)行學(xué)術(shù)爭(zhēng)鳴，涌現(xiàn)出一大批著名的蒙醫(yī)學(xué)家。從學(xué)派來(lái)講，主要形成了傳統(tǒng)蒙醫(yī)學(xué)派、藏醫(yī)學(xué)派及近代蒙醫(yī)學(xué)派等三個(gè)派系。

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