根據研究，回回醫學是以人天渾同與有機整體思想為主導；以元氣一無論與陰陽七行學說為基礎；以動態和諧與過程論的觀念，探索人的生命活動中身體和心性健康的整體規律，及其與疾病失序的關系；以辨質為主。結合辨證、辨病、辨經，論證養生、預防、治療、康復為特點的一門綜合性實用學科。為了便于分析回醫理論的內涵，用以下“公式”來表述：

　　真一（單另獨一，絕對實體）——元氣（第一物質，萬有之始）

　　——陰陽（陰“靜”陽“動”，生化依據）

　 　——七行　四元（水、火、氣、土）———天地定位
　　　　　　　　三子（金、木、活）———萬物始生

　　　——人（思維與存在的統一體）

　　天人渾同的“真一”內涵妙質元氣，元氣兩儀陰陽，陰陽化而生火，水火交錯，萬物化生，水得火而生“氣”，火暴水而生“土”，土與水合而生“金”，氣與火和而生“木”，水、火、氣、土四者共合而生“活類”，金、木、活三者在天地化育中稱為“三子”，而當三者形成后萬物莫不靠它而資生，所以又稱三母。

　　在自然生化過程中，萬物按一定生成次序先后問世，先者為其勝，為其名，但這只是就其主流而言，其實金、木、活三者相互交錯，三氣無所不至，萬物而生。

　　回族先賢認為，在自然形成的過程中，若金氣勝，金氣流行，山得之為玉石；水得之為蚌珠；土得之為五金之礦；草木得之為草木之情；一切萬物得之，而各成其堅明定固也。

　　“木氣勝，木氣流行，山得之為嘉植；水得之生萍藻；沃土得之生禾稼；瘠土得之生草毛；四植之中、稟土勝者為堅質；稟氣勝者為囊空；稟水勝者多繁花；稟火勝者多果實。而要皆得此木氣以化育者也”。

　　“活氣流行，生于山者為走獸，其形體與丘陵似；生于林者為飛禽，其毛者與枝葉似；生于水者為鱗介，其鱗甲與水波似；稟氣土勝者性溫；稟火土勝者性烈；稟氣水勝者性貪；稟水火勝者性暴，而要皆得此活氣以化育者也”。

　　由上可以看出，無金則木不生，無木則鳥獸不育。抑萬物之主，皆從地出，自下而上也，故金藏土中，木見土外，鳥獸則飛行于空中，可見金、木、活“三子”堪稱萬物母，它與四元（四奇形）化育之功相同，皆為人和萬物的基本物質。

　　對方位及天空，回族先賢認為，當四元氣、水、火、土形成的同時，方見四方，即氣位為東方，土位為西方，火位為南方，水位為北方。空中天地者，近于地者“溫際”；上于溫者“濕際”；再上者“冷際”；近于天者“熱際”，此乃四際分空之論。這四際分空又是氣火水土“四元”聚結而成，溫際屬土，其氣和平；濕際屬水，其氣稍冷：冷際屬風，其氣肅冽；熱際屬火，其氣炎熱。四際之氣皆為人與萬物所仰藉，并使之因時而得而所。

　　回族先賢不但對大自然的形成有較系統的認識，而且對人的形成過程也有較系統的理論。回族先賢認為：“人不能先天地而自立，天地萬物亦不能無人而自有，萬物為人之護衛，人為萬物之樞機”。也就是說人類的進化和大自然的形成是同步的。回族醫學對人類的進化也是用以元氣學說為基礎，以陰陽七行為理論框架來解釋的，認為從大自然元氣發露至而成人身必須經過六階段，即①“渾同品（是元氣發露始有的渾論之象）；②“起化品”，陰陽分（相當于元氣兩儀陰陽階段）；③“廣化品”（相當于陰陽開始廣化萬物的階段，象著于水、火、土、氣四元出現）；④“正位品”（相當于水、火、土、氣四元形成后，滅地定位，萬物始化階段）；⑤“蕃庶品”（相當于水、火、氣、土、金、木、活，此四元三子相互作用變生萬物的階段）；⑥“成全品”人類出也（相當于人自然形成之階段）。此六個階段無不體現了人天原始渾同的統一及進化過程的和諧，雖屬古樸，但較概括而形象。

　　人類形成后的繁衍，回族先賢認為：“初有一點種子，藏于父脊，授于母宮”，而授于母宮的一點種于是得父母交感之氣而成，“由于父之陽動而生水，水挾陽氣而授于母；母之陰動而生火，火挾陰氣而納此一點種子于宮，起初陰陽交而水火聚，故凝結為一。當胚胎初化，于是一分為兩，成為“清”、“濁”不同的形態，清者為陽、濁者為陰，如同大世界元氣兩儀陰陽，清與濁在母體內特定的條件下，得到母宮的溫養，而不停地運動變化，其運動趨向是，清陽向內，濁陰向外，如此，“清”、“濁”又各自兩半，分成了四個層次，如同陰陽化四元，也就是“四體液”，即“黑液、紅液、黃液、白液”，黑液為最外一層屬土，近于黑者；色紅屬風近于紅者；色黃屬火；其居中者色白屬水。四者均為人身血肉精氣之本。回醫學認為，胚胎一個月，黑紅黃白四液形成。接著人身小世界繼續依其特有的運動方式化育而成。

　　綜上所述，不難看出，回族先賢對大自然的認識堪稱為古樸的唯物辯證法思想，之所以稱其為古樸，是因為上述理論與現代對大自然的認識相比就較原始了，上述理論，首先肯定世界是物質的，且是運動的，變化的，在此基礎上，以元氣發露，兩儀陰陽，陰陽化而生四元，四元相互作用而生金、木、活三子，四元三子共同作用而生萬物，世界人類備也。故而稱之為古樸的唯物辯證法思想。回族先賢認為，在宇宙沒有形成之前的先天世界里，處處充滿著一種渾論狀態的物質，“中含妙質”，是謂“元氣”。阿拉伯哲學中“頓拉底”這一概念與此類似，并引伸為“原動精神”，回族先賢把這種原動精神稱之為“發露”，元氣發露則意味著自然生化開始，是為先天之本，后天之根。這里所言后天包涵了自然宇宙這個“大世界”和人身這小世界。元氣自然生化的整個過程，只能通過不斷運動才能實現，而這種運動變化最大的和最突出的特征集中體現于“動”與“靜”，中國的回回先民將這種形式引用中醫學的“陰、陽”概念來解釋渾論元氣之開始生化，其“動”多“靜”少者，謂之陽，其“動”少“靜”多者謂之陰。回醫學認為“動”與“靜”這兩種相反相成的運動及其運動形態的存在，無論是“動”還是“靜”，它們始終都在運動不已，天地萬物的變化均歸于這種運動，而這種運動形式既對立又統一，也就是說動中有靜，靜中有動，宇宙間無“純陰”、“純陽”、“全陰”、“全陽”，是陽中含有真陰，陰中含有真陽。是唯物辯證法思想。

　　由于自然生化的繼續發展，“動”、“靜”運動的無體性，陰陽則化為四元（水、火、氣、土），四元相互作用則生金、木、活三子，回族先賢之所以把“水”、“火、“氣”、“土”稱為四元，說明它是同時成為一切有形物質（“形”）與無形事物（“色”），又稱為“四象”，象是象征、現象之意，應包括有形運動的形象和無形運動的形象，是為反映自然規律的四種動態形象的總稱。又稱“四氣”，實指無時不有，無處不在，“彌滿無隙”，淵源于陰“靜”陽“動”，在自然生化中，有著四類變化的運動性態；金、木、活三子又稱“三耦行”，四元又稱“四奇行”，行是行動、遠行之意，指運動不已，“四奇行”與“三耦行”組成七行，“四奇行”與“三耦行”化育之功相同，均為人和萬物的“基本物質”。但“四奇行”先于天地定位，再由“三耦行”化育萬物。及此回醫學有了“氣”、“行”、“象”等概念的出現，深刻地反映了自然過程的無限運動性及其所表現的形象、氣象等，為人類認識自然和人類自身的生命運動過程開拓了嶄新的思路。

　　人作為“小世界”與“大世界”同源，且處于同一運動過程之中，但人是“大成全品”，阿卜杜拉的《道行推原》指出：“人是大極大全，無美不備，既美其形，復美其妙”，回醫學的小世界種子，大世界元氣之說，不但說明了人與自然的淵源關系，還反映了“大世界”從“無形”到“有形”，“小世界”從“有形”到“無形”的觀點，從“無形”的元氣到萬物形色的生成，從“有形”的種子到生命過程的演化，這種從無到有，從有到無的生生不息的自然過程，與老子“無生有、有生無”的自然觀一脈相承。這就是中國古代先哲所謂的“造化”與“神機”。

　　回醫學理論的病因學、病理學、病機學、臟象學等，僅從現有的歷史資料中難以釋全，但從《回回藥方》殘卷中所提及的關于人體醫學、病理病機學、病變部位來看，盛于元代的中國回族醫學是有完整的理論體系，其特點主要是：回醫學將古希臘的“四體液”學說改造為“黑、紅、黃、白”四液，并將其納入元氣，四象理論中加以運用。此外又將“冷熱干濕”說改造為“溫際、冷際、濕際、熱際”說，并與四元配合作為病因病理學的組成部分，這也說明了回醫學是東西方醫藥文化高度結合的產物。