五輸穴的應用方法：《靈樞·順氣一日分為四時》：“病在藏者，取之井;病變于色者，取之滎;病時間時甚者，取之輸，病變于音者，取之經;經滿而血者，病在胃，及以飲食不節得病者，取之于合。”

    后來近代對五輸穴的應用，井穴多用于各種急救，滎穴多用于各種熱病，輸穴多用于肢節酸痛及五臟病變，經穴多用于氣喘咳嗽，合穴多用于六腑疾患等。

    另外，根據《難經·六十九難》“虛者補其母，實者瀉其子”的理論，五輸穴按五行屬性以生我者母，我生者為子的原則進行選穴，即虛證選用母穴，實證選用子穴。這就是臨床上所稱的補母瀉子法。

    如肺屬金，虛則取太淵(土)，實則取尺澤(水)。余此類推。也可以按陰陽相合，剛柔相濟的關系，將陰井乙木與陽井庚金配合起來，成為子午流注按時取穴及合日互用開穴規律的理淪基礎。