如果說宋、金、元時期已經出現醫學氣功走向普及的趨勢，那么，明、清兩朝實用氣功的研究更呈如火如荼之勢。幾乎沒有一位名醫不被卷入的。偉大的醫藥學家李時珍、張景岳，針灸大師楊繼洲，眼科專家王肯堂、傅仁宇，養生專家曹元白、沈嘉樹、陳繼儒，癆病專家龔居中，溫病學派創始人葉天士和吳鞠通，都成為醫用氣功的熱心推動者和實踐者。

    醫用氣功的開創并非始于明、清，兩千多年前的醫中圣典《內經》早已闡明氣功治病方法的原理、意義。歷代醫家多兼修氣功。醫圣張仲景本人就是氣功專家，一代神醫華佗更是膾炙人口的五禽戲創編者之一。名醫陶弘景、孫思邈在氣功上也都各有建樹。但就普及程度和規模而言，遠不如明、清時的聲勢。

    隨著練功的普遍，練功出偏時有發生，醫學家也注意到這個問題。清代張璐認為出偏的原因是“良由役心太甚，神心舍空，痰火乘凌所致”，癥狀是：壯火飛騰，頭面赤熱，隔塞心忡，喘逆蒸汗而成上脫之候；并有陰氣消亡，強陽不制，精髓不固，二便引急而成下脫之候。他建議必要時可辨證施用中藥，如黃芪建中湯、天王補心丹調理。用中藥糾偏至今仍不失為一種有效手段。

    自王重陽創立全真教派以來，丹道氣功理論和實踐皆有創新，人才輩出。但明、清兩朝少有佳作。《性命圭旨》和《伍柳仙蹤》為其中佼佼者，二書皆力圖綜佛、道二家氣功之長，而避其所短。從氣功普及角度看，前者優于后者，從學術角度看，后者似較前者深刻、系統。晚清以來，隨著國家的半封建、半殖民地化，氣功學在封建迷信、洋奴哲學的雙重摧殘下，漸趨衰落。民國初年雖有《大成捷要》一書編集出版，然內容龐雜、整理紊亂，且引入許多荒誕不實的宗教迷信內容。書中所集功法雖多屬丹功范圍，但可以看出，作者并未親自實踐過，因而所摘內容良莠不分，成為一大缺陷。作為氣功著作，蔣維喬的《因是子靜坐法》不失為民初優秀代表。蔣氏身體力行，經驗頗豐，且所著語言通俗，簡單易行，故甚受廣大讀者歡迎。雖然與蔣氏同期尚有無數氣功資料出版，然可觀者甚為稀少。氣功作為一門學術，同其他國粹一樣，在這一時期已經是“氣息奄奄，日落西山”了。

    1949年中華人民共和國成立后，氣功得到了挽救，氣功學的發展進入了一個新時代。

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