李時珍保留的著作甚多，代表性的著作《本草綱目》具有劃時代意義，達爾文也曾受益于此書，并稱其為“中國古代的百科全書”。近兩百萬字的《本草綱目》是李時珍花費27年編著的醫藥學巨著，內容涉及醫學、藥學、動物學、植物學、礦物學等多個領域。《本草綱目》的撰寫源于李時珍熟讀醫術，發現古代本草書籍中有不少錯誤，便立志撰寫一部全面的醫藥書籍，厘正各家藥著的錯誤，并對有疑惑的草藥加以修正。于是他學習上古神農嘗百草來。走進田間地頭、山間田野，不辭辛勞，足跡遍布全中國，對藥物進行實物加實地的對照，不拘泥于古書，實事求是地辨認藥物。例如，為了研究透徹蘄春特產蘄蛇，李時珍親上家鄉龍峰山，實地觀察、研究蘄蛇，與蛇農交朋友，并寫成了一篇專門論述蘄蛇的文章——《蘄蛇傳》，雖然此文并未流傳下來，但在《本草綱目》中，用兩千余字外加一幅插圖詳細描述蘄蛇便是其精華所在。以小見大，便可充分體現李時珍嚴謹的科學精神及實事求是的科學原則。
李時珍除了在藥學上具有巨大貢獻外，對臨床各科疾病的防治也有很深的造詣，尤其對后天之本脾胃的臨證經驗記載頗多。李時珍將脾胃病分為“勞倦、虛寒、食滯、酒毒”四類，并總結出嘔吐、呃逆、噎膈、吞酸嘈雜、反胃、霍亂、泄瀉、痢、心下痞滿、脹滿、黃疸、大便燥結、脫肛、腸鳴等，現代教材《中醫內科學》中脾胃病病種有8個病名與《本草綱目》里相同。李時珍的脾胃思想繼承了李東垣的思想特點，在繼承中，又有創新，形成了自己的學術特點。
李時珍因其對世界醫學發展的重大貢獻，被世界和平理事會評為“世界文化名人”；《本草綱目》被聯合國教科文組織選入《世界記憶名錄》；郭沫若稱贊他為“醫中之圣”；李時珍編寫《本草綱目》的故事也是小學語文教材的一篇課文，雖然教材在變，但是一直到今天，李時珍的故事仍保留在各版語文教科書中！
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