由于硬皮病是因血管和結締組織硬化、小血管增生、管腔堵塞引起的自身免疫病，因此它可造成全身性的損害，除皮膚、關節損害外，內臟損害主要見以下幾方面：
（1）胃腸道損害
　　主要為胸骨后燒灼痛、反酸及吞咽食物后的哽噎感等。胃腸道的這些非特異性表現常常不會引起患者的重視，尤其是在疾病早期。當發展至晚期，患者可出現全胃腸道功能減低的表現如腹脹、間歇性腹瀉、便秘等。
（2）肺損害
　　主要表現為胸膜炎、胸腔積液、肺動脈高壓、肺間質纖維化及限制性肺病等。患者常見咳嗽、氣短、運動后呼吸困難等癥狀。在疾病早期，這些表現并不明顯，胸部X線和肺功能檢查有助于診斷及了解病情。
（3）心臟損害
　　心臟損害較為常見，可以出現心包、心肌或心臟傳導系統的病變。肺部損害造成的肺動脈高壓也可加重心臟的病變，在疾病晚期可出現心力衰竭。常見臨床表現有心包積液、心肌受損、心率失常等。其中心包積液較常見，但往往沒有明顯癥狀，病情發展較為緩慢，超聲心動圖可明確診斷。
（4）腎臟損害
　　腎臟損害較為普通，是硬皮病的主要死亡原因之一，提示預后不佳，故應引起早期重視。早期的腎損害表現為輕度的蛋白尿或鏡下血尿，逐漸發展可業引起腎功能不全。部分病人可出現急性腎衰竭、少尿或無尿（臨床上稱硬皮病腎危象），或急驟進展的惡性高血壓，可有頭痛、視物模糊、惡心、嘔吐等表現。
（5）其他的臟器損害
　　系統性硬化還可引起其他系統損害，如神經系統的周圍神經病、三叉神經痛；肝臟并發的膽汁性肝硬化、鈣化；部分患者出現抗甲狀腺抗體，可伴有甲狀腺功能低下等。
　　總之，系統性硬化是一種累及全身多系統的自身免疫病，臨床上可出現多系統損害，因此，對出現的相應癥狀應引起早期重視。