小兒疾病的發病原因，與成人有同有異，具有兒科自身的特點。小兒外多傷于六淫及疫癘之邪，內多傷于乳食，先天因素致病是特有的病因，情志失調致病相對略少，意外性傷害和醫源性傷害需要引起重視。
一、先天因素
先天因素即胎產因素，指小兒出生前已形成的病因。
遺傳病因是先天因素的主要病因。調查表明，約1．3%的嬰兒有明顯的出生缺陷，即有先天畸形、生理缺陷或代謝異常，其中70%-80%為遺傳因素所致。父母的有害基因是遺；傳性疾病的主要病因，現代社會又增加了工農業及環境污染·，導致新的致畸、致癌與致突變的機會。已被認識的遺傳性疾病達3500種以上，其中相當部分目前尚缺乏有效的治療方法，或需要終生進行飲食及藥物治療。對于有礙優生的遺傳性疾病基因攜帶者應勸其不結婚或不生育，這是提高人口質量的重要措施。
懷孕之后，若不注意養胎護胎，也易于造成先天性疾病。諸如孕婦營養不足、飲食失節、情志失調、勞逸不當、感受外邪、接觸污物、遭受外傷、房事不節、患有疾病、用藥犯忌等等因素，都可能損傷胎兒。分娩時難產、窒息、感染、產傷等，也會成為許多疾病的病因。《格致余論·慈幼論》說：“兒之在胎，與母同體，得熱則俱熱，得寒則俱寒，病則俱病，安則俱安。”說明了胎養因素與小兒健康的密切關系。
二、外感因素
小兒因于外感因素致病者最為多見。外感因素包括風、寒、暑、濕、燥、火六淫和疫癘之氣。
風性善行數變，小兒肺常不足，最易為風邪所傷，發生肺系疾病。風為百病之長，它邪常與風邪相合為患。風寒、風熱犯人，常見外感表證，正氣不足則由表人里。暑為陽邪，其性炎熱，易傷氣陰；暑多夾濕，困遏脾氣，纏綿難解。風寒濕或風濕熱三氣雜至，合為痹證。燥性干澀，化火最速，易傷肺胃陰津。火為熱之極，六氣皆從火化，小兒又易于感受外邪，故小兒所患之熱病最多。
疫癘是一類有著強烈傳染性的病邪，具有發病急驟、病情較重、癥狀相似、易于流行等特點。小兒形氣未充，抗病力弱，加之氣候反常、環境惡劣、食物污染，或沒有做好預防隔離工作等原因，均可造成疫病的發生與流行。疫病一旦發生，嚴重影響兒童健康，甚至造成大批傷殘。
三、食傷因素
小兒脾常不足，飲食不知自節，或家長喂養不當，易被飲食所傷，產生脾胃病證。
小兒乳貴有時，食貴有節。往往小兒幼稚不能自調飲食，挑食偏食，造成偏嗜作疾，飲食營養不均衡，或過寒傷陽、過熱傷陰、過辛傷肺、甘膩傷脾、肥厚生痰，少進蔬菜成便秘、某些食品致過敏等。生活無規律，飲食不按時，饑飽不均勻，如飲食質、量的過度，小兒脾胃不能耐受而遭損；飲食質、量的不足，小兒氣血生化無源而虛怯。又有因家長缺少正確的喂養知識，嬰兒期未能用母乳喂養，或未按時添加輔食，或任意縱兒所好，都易于造成脾氣不充甚至受損，運化不健，好發脾胃病證。進一步因脾胃生化乏源，還會引起肺、腎、心、肝諸臟不足而生病。
飲食不潔也是兒科常見病因。小兒缺乏衛生知識，臟手取食，或誤進污染食物，常引起腸胃疾病，如吐瀉、腹痛、腸道蟲癥，甚至細菌性痢疾、傷寒、病毒性肝炎等傳染病。
四、情志因素
小兒思想相對單純，接觸社會較成人少，受七情六欲之傷也就不及成人多見。但是，兒科情志失調致病也不容忽視。例如，嬰幼兒乍見異物、驟聞異聲，易致驚傷心神，或使已有的肝風驚厥發作加劇；所欲不遂，思念傷脾，會造成食欲下降，產生厭食或食積；學習負擔過重，家長期望值過高，兒童憂慮、恐懼，產生頭痛、疲乏、失眠、厭食，或精神行為異常；家庭溺愛過度，社會適應能力差，造成心理障礙；父母離異、再婚，親人喪亡，教師責罰，小朋友欺侮等，都可能使兒童精神受到打擊而患病。近年來，兒童精神行為障礙性疾病發病率呈上升趨勢，值得引起重視。
五、外傷因素
小兒缺少生活經驗和自理能力，對外界的危險事物和潛在的危險因素缺乏識別與防范，加之生性好奇，常輕舉妄動，因而容易遭受意外傷害。嬰兒蒙被受捂，或哺乳時乳房堵住口鼻，可造成窒息；小兒碰翻熱湯熱水，或誤觸火爐水瓶，會被水火燙傷；家用電器安裝不當，可能被小兒誤摸觸電；小兒在水邊玩耍，或兒童無人保護下水游泳，容易溺水；幼兒學步摔倒，或遇交通事故，或小孩互相打斗，可造成創傷骨折；蛇咬、蟲螫、豬狗咬傷，造成意外傷害；誤食有毒的植物、藥物，發生中毒；誤將豆粒、小球放人口鼻，因氣道異物而呼吸道梗阻。凡此種種，在兒童均比成人更為常見。
六、醫源因素
進入現代社會，兒童的醫源性損害日益受到重視。
兒科感染性疾病較多，對住院患兒要盡可能按病種類別安排病室，對傳染病患兒更要做到隔離，防止交叉感染。對小兒的檢查、護理動作都要輕柔，注意無菌操作，與患兒講話要親切，減少其抗拒，防止對兒童帶來身體、心理的傷害。
兒科用藥應當謹慎，因小兒氣血未充，臟腑柔嫩，易為藥物所傷。凡大苦、大寒、大辛、大熱之品，以及攻伐、峻烈、毒性藥物，皆應慎重使用，中病即止。治療熱病要顧護陰津，治療虛證要顧護脾胃，急當治其標，緩則治其本，若失治誤治，藥過病所或損傷正氣，則使舊病未去又添新病，加重病情。
某些西藥的毒副作用較多，如糖皮質激素的柯興氏征，陰傷火旺證候；一些抗生素的胃腸道反應、抑制造血功能、肝腎功能損害、神經系統損害等毒副作用；長期使用廣譜抗生素造成二重感染；免疫抑制劑導致臟器損害、骨髓抑制、生殖毒性等等，都為臨床所常見。
