中醫作為應用科學，早期運用了五行學說來整理實踐經驗，將經驗上升為理論。但是醫學實踐與五行理論預設之間在當時就已經出現了差異。例如以臟為生命的功能主體，根據“臟者，藏精氣而不瀉，故滿而不能實；腑者，傳化物而不藏，故實而不能滿”的定義，腹腔內正好有五個臟器，因此很自然地可與五行相配。而就在具體相配方式出現了爭議。

　　五臟配五行，在古代的祭禮中已經出現。《呂氏春秋》記載古時祭祀，以春配脾，夏配肺，秋配肝，冬配腎，在夏秋之間則配心。這一配法與現在中醫所用的不同，它是根據臟腑的解剖位置來確定的。現在中醫所用的肝木、心火、脾土、肺金、腎水配法在漢代才出現，它的相配邏輯似不明顯，實際上它是根據五行之“性”而來。《尚書》說：“水曰潤下，火曰炎上，木曰曲直，金曰從革，土爰稼穡。”中醫將五臟的功能與五行的各自特性相對應，從而找到配合點，形成了新配法。

　　五行與五臟的配法不同，成為漢代古文經學與今文經學兩派爭論的焦點之一。經學大師鄭玄認為，后一配法是中醫所必須遵循的法則，否則臨床不能取效。醫學家為什么要放棄現成的、直觀的、以位置為依據的配法不用？一個合理的解釋就是這個配法不能很好地反映五臟的功能。這可以說是中醫對五行配屬法則的突破，或者說是靈活應用。

　　相生相克是五行學說表達各行之間利害關系的抽象模式。其在“五材”的角度中容易理解，如金克木，木生火等，但類推于其他配屬時，就有必要具體定義生和克的內涵。如東漢王充曾質疑說：“水勝火，鼠何不逐馬？”“一人之身，胸懷五藏，自相賊也？”(《論衡·物勢篇》)實際上，對五行相生相克在人體上的應用，必須理解為體現各行的協同作用。中醫最早的經典《黃帝內經》就是這樣的。例如相生，《素問·陰陽應象大論》說：“心生血，血生脾……腎生骨髓，髓生肝……”所以五臟相生不是心臟生出脾臟，而是指五臟之間的氣血精髓等的濡養關系；相克如《素問·寶命全形論》說：“木得金而伐，火得水而滅，土得木而達，金得火而缺，水得土而絕。萬物盡然，不可勝竭。”主要是指病理狀態下，各臟之間相助以恢復常態的作用。正如清代醫家黃元御在《四圣心源》所說：“其相生相克，皆以氣而不以質也，成質則不能生克矣。”所以，五臟相生相克主要是從五臟精氣和功能的角度，闡明彼此之間相互長養又相互制約的道理。

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